R腳本錯誤的行號？

Question

如果我從命令行（R --slave script.R）運行一個很長的R腳本，如何才能讓它在錯誤時給出行號？

我不想調試命令，如果在所有可能添加到腳本 - 我只想R鍵行爲像大多數其他腳本語言...

Answer 1

這不會給你的行號，但它會告訴你在哪裏失敗調用堆棧發生，這是非常有幫助的：

traceback() 

[編輯：]當在命令行中運行腳本，你將不得不跳過一個或兩個電話，看traceback() for interactive and non-interactive R sessions

我不知道的另一種方式來做到這一點，沒有通常的調試嫌疑人：

1. 調試（）
2. 瀏覽器（）
3. 選項（錯誤=恢復），然後選擇（誤差= NULL ）回覆吧]

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[編輯：]對不起......剛纔看到你在命令行中運行此。在這種情況下，我會建議使用選項（錯誤）功能。這裏有一個簡單的例子：

options(error = quote({dump.frames(to.file=TRUE); q()})) 

，只要你想在出錯時您可以創建複雜的腳本，所以你只要決定你需要什麼樣的信息進行調試。否則，如果存在特定的關注區域（例如連接到數據庫），則將它們包裝在tryCatch（）函數中。

Answer 2

R 2.10及更高版本即將支持此操作。鄧肯默多克剛剛發佈到R-devel的在2009年9月10日約findLineNum and setBreapoint：

I've just added a couple of functions to R-devel to help with 
debugging. findLineNum() finds which line of which function corresponds 
to a particular line of source code; setBreakpoint() takes the output of 
findLineNum, and calls trace() to set a breakpoint there. 

These rely on having source reference debug information in the code. 
This is the default for code read by source(), but not for packages. To 
get the source references in package code, set the environment variable 
R_KEEP_PKG_SOURCE=yes, or within R, set options(keep.source.pkgs=TRUE), 
then install the package from source code. Read ?findLineNum for 
details on how to 
tell it to search within packages, rather than limiting the search to 
the global environment. 

For example, 

x <- " f <- function(a, b) { 
      if (a > b) { 
       a 
      } else { 
       b 
      } 
     }" 


eval(parse(text=x)) # Normally you'd use source() to read a file... 

findLineNum("<text>#3") # <text> is a dummy filename used by parse(text=) 

This will print 

f step 2,3,2 in <environment: R_GlobalEnv> 

and you can use 

setBreakpoint("<text>#3") 

to set a breakpoint there. 

There are still some limitations (and probably bugs) in the code; I'll 
be fixing thos 

Answer 3

做options(error=traceback)提供了有關領導到錯誤的線的內容多一點的信息。如果出現錯誤，它會導致回溯，對於某些錯誤，它會有行號，前綴爲#。但是它被擊中或錯過，許多錯誤不會得到行號。

Answer 4

您可以通過設置做

options(show.error.locations = TRUE) 

我只是想知道爲什麼這個設置不是R中默認？它應該像其他語言一樣。

Answer 5

指定用於處理非災難性錯誤的全局R選項，以及用於保留有關錯誤的信息並在失敗後檢查此信息的自定義工作流程。我目前正在運行R版本3.4.1。 下面，我已經包含了對我工作的工作流程的描述，以及我用於在R中設置全局錯誤處理選項的一些代碼。

由於我配置了錯誤處理，所以錯誤處理還會創建一個包含錯誤發生時工作內存中所有對象的RData文件。此轉儲可使用load()，然後將各種環境，因爲它們在誤差時存在可以交互使用debugger(errorDump)被檢查被讀回成R。

我會注意到，我能夠在堆棧內的任何自定義功能traceback()輸出得到行號，但只有當我打電話source()在我的腳本中使用的任何自定義函數時使用的keep.source=TRUE選項。如果沒有此選項，請按如下所示設置全局錯誤處理選項，將traceback()的完整輸出發送到名爲error.log的錯誤日誌，但行號不可用。

這是我參加了我的工作流程的一般步驟，以及如何我能非交互式[R失敗後訪問內存轉儲和錯誤日誌。

1. 我把以下放在我從命令行調用的主腳本的頂部。這爲R會話設置了全局錯誤處理選項。我的主要腳本被稱爲myMainScript.R。代碼中的各行對它們進行評論，描述它們的功能。基本上，使用此選項，當R遇到觸發stop()一個錯誤，它會創建一個RDATA（* .rda）轉儲目錄~/myUsername/directoryForDump在所有活動的環境中工作記憶的文件，也寫了一些有用的命名error.log錯誤日誌信息到同一個目錄。您可以修改此片段以在錯誤時添加其他處理（例如，將時間戳添加到轉儲文件和錯誤日誌文件名等）。

   options(error = quote({ 
       setwd('~/myUsername/directoryForDump'); # Set working directory where you want the dump to go, since dump.frames() doesn't seem to accept absolute file paths. 
       dump.frames("errorDump", to.file=TRUE, include.GlobalEnv=TRUE); # First dump to file; this dump is not accessible by the R session. 
       sink(file="error.log"); # Specify sink file to redirect all output. 
       dump.frames(); # Dump again to be able to retrieve error message and write to error log; this dump is accessible by the R session since not dumped to file. 
       cat(attr(last.dump,"error.message")); # Print error message to file, along with simplified stack trace. 
       cat('\nTraceback:'); 
       cat('\n'); 
       traceback(2); # Print full traceback of function calls with all parameters. The 2 passed to traceback omits the outermost two function calls. 
       sink(); 
       q()})) 
   

2. 確保從主腳本和任何後續函數調用，隨時隨地的函數來源，選項keep.source=TRUE使用。也就是說，要獲得一個函數，你可以使用source('~/path/to/myFunction.R', keep.source=TRUE)。這是traceback()輸出包含行號所必需的。看起來您也可以使用options(keep.source=TRUE)在全局範圍內設置此選項，但是我沒有測試過這個選項是否有效。如果你不需要行號，你可以省略這個選項。

3. 從終端（R外），呼叫使用Rscript myMainScript.R在批處理模式下的主要腳本。這將啓動一個新的非交互式R會話並運行腳本myMainScript.R。已放置在myMainScript.R頂部的步驟1中給出的代碼片段爲非交互式R會話設置了錯誤處理選項。
4. 的myMainScript.R執行中的某處遇到錯誤。這可能在主腳本本身，或深層嵌套幾個功能。遇到錯誤時，將按照步驟1中的說明執行處理，並且R會話將終止。
5. 在全局錯誤處理選項設置中，由'~/myUsername/directoryForDump'指定的目錄中創建名爲errorDump.rda的RData轉儲文件和名爲error.log的錯誤日誌。

6. 在您的休閒，檢查error.log審查有關錯誤的信息，包括錯誤消息本身和完整堆棧跟蹤導致錯誤。以下是錯誤生成的日誌示例;注意#字符後面的數字是錯誤的行號在調用棧的不同點：

   Error in callNonExistFunc() : could not find function "callNonExistFunc" 
   Calls: test_multi_commodity_flow_cmd -> getExtendedConfigDF -> extendConfigDF 
   
   Traceback: 
   3: extendConfigDF(info_df, data_dir = user_dir, dlevel = dlevel) at test_multi_commodity_flow.R#304 
   2: getExtendedConfigDF(config_file_path, out_dir, dlevel) at test_multi_commodity_flow.R#352 
   1: test_multi_commodity_flow_cmd(config_file_path = config_file_path, 
   spot_file_path = spot_file_path, forward_file_path = forward_file_path, 
   data_dir = "../", user_dir = "Output", sim_type = "spot", 
   sim_scheme = "shape", sim_gran = "hourly", sim_adjust = "raw", 
   nsim = 5, start_date = "2017-07-01", end_date = "2017-12-31", 
   compute_averages = opt$compute_averages, compute_shapes = opt$compute_shapes, 
   overwrite = opt$overwrite, nmonths = opt$nmonths, forward_regime = opt$fregime, 
   ltfv_ratio = opt$ltfv_ratio, method = opt$method, dlevel = 0) 
   

7. 在您的休閒，你可以加載到errorDump.rda使用load('~/path/to/errorDump.rda')一個互動R對話。加載後，請撥打debugger(errorDump)以瀏覽任何活動環境中內存中的所有R對象。有關更多信息，請參閱debugger()上的R幫助。

該工作流在某些類型的生產環境中，你必須在命令行正在啓動非交互式的R會話，你想保留意想不到的錯誤信息運行R是很大的幫助。將內存轉儲到錯誤發生時可用於檢查工作內存的文件以及調用堆棧中錯誤的行號，可以快速調試導致錯誤的原因。