不支持TIFF壓縮

我使用openslide-python打開svs形象，我也碰到了以下問題：不支持TIFF壓縮

>> import openslide as osi 
>> a = osi.OpenSlide('image.svs')

產生錯誤

TIFFReadDirectory: Warning, Unknown field with tag 347 (0x15b) encountered. 
image.svs: JPEG compression support is not configured. 
Traceback (most recent call last): 
    File "<stdin>", line 1, in <module> 
    File "/home/manan/anaconda/lib/python2.7/site-packages/openslide/__init__.py", line 154, in __init__ 
    self._osr = lowlevel.open(filename) 
    File "/home/manan/anaconda/lib/python2.7/site-packages/openslide/lowlevel.py", line 178, in _check_open 
    raise OpenSlideError(err) 
openslide.lowlevel.OpenSlideError: Unsupported TIFF compression: 7

我一直沒能在這個問題上找到任何解決方案;我已經檢查了libopenjpeg和任何其他相關的庫，以確保它們處於各自的最新版本。

來源

2016-06-15 manan

你可能想在[問題跟蹤]（https://github.com/openslide/openslide到文件的問題-python /問題）。 – Trilarion

看來svs格式是標準TIFF的變體。如果是這種情況，TIFF文件可以包含各種壓縮類型的圖像。如果其他svs文件有效但不是這個，這個問題可能與壓縮有關。有關TIFF壓縮子類型的更多詳細信息，請參閱本文的答案：http://stackoverflow.com/questions/28355389 –

請提供運行環境意味着操作系統和libtiff，libjpeg版本 –

如果你看一下代碼： https://github.com/openslide/openslide/blob/7b99a8604f38280d14a34db6bda7a916563f96e1/src/openslide-vendor-generic-tiff.c#L222-L226

if (!TIFFIsCODECConfigured(compression)) { 
    g_set_error(err, OPENSLIDE_ERROR, OPENSLIDE_ERROR_FAILED, 
       "Unsupported TIFF compression: %u", compression); 
    goto FAIL; 
}

你會看到它使用libtiff：功能TIFFIsCODECConfigured由底層libtiff庫提供的（見man page）。

壓縮標記設置爲7;這是罕見支持的JPEG ('new-style' JPEG)壓縮方案 - 有時也稱爲JPEG-in-TIFF;您需要安裝編解碼器。

如果你仍然有幻燈片，並使用例如柯達成像，那麼您可以使用不同的壓縮方式再次掃描它們;但那將是一種回溯式的方式。嘗試添加編解碼器並在libtiff中啓用它可能會更容易。

從libtiff documentation：

JPEG壓縮

支持由JPEG_SUPPORT控制。 libtiff附帶的JPEG編解碼器專用於Independent JPEG Group免費提供的軟件發行版的第5版或更高版本。這個軟件可以從目錄ftp.uu.net:/graphics/jpeg/中檢索。

因此，支持是可選的，您可能需要重建libtiff（請參閱instructions）。

默認情況下未配置JPEG支持。

參考文獻：

來源

2016-12-02 15:53:43 dnozay

非常感謝您提供了一個極好的研究答案！ –

不支持TIFF壓縮

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