rpy2：檢查包是否安裝

使用rpy2，我想檢查是否安裝了給定的包。如果是，我將它導入。如果沒有，我先安裝它。rpy2：檢查包是否安裝

如何檢查它是否已安裝？

from rpy2 import * 
if not *my package is installed*: 
    rpy2.interactive as r 
    r.importr("utils") 
    package_name = "my_package" 
    r.packages.utils.install_packages(package_name) 
myPackage = importr("my_package")

來源

2013-04-02 Ricky Robinson

您可以使用下面的功能我從@ SaschaEpskamp的回答得到了another SO post：

pkgTest <- function(x) 
    { 
    if (!require(x,character.only = TRUE)) 
    { 
     install.packages(x,dep=TRUE) 
     if(!require(x,character.only = TRUE)) stop("Package not found") 
    } 
    }

，並使用此而不是加載你的包：

r.source("file_with_pkgTest.r") 
r.pkgTest("utils")

在一般情況下，我會建議不要嘗試在Python中編寫多少R代碼。只需創建一些高級R函數，它們可以滿足您的需求，並將它們用作R和Python之間的最小接口。

來源

2013-04-02 10:57:23

謝謝！我不太熟悉R語句到Python語句的轉換。我將如何在python中編寫上面的代碼片段？ –

我對他們也不熟悉，但我認爲我上面給出的片段應該可以工作。只要將這個函數保存到一個文件中，源文件並運行它。 –

-1

import sys,subprocess 
    your_package = 'nltk' 

    package_names = subprocess.Popen([pip freeze], 
    stdout=subprocess.PIPE).communicate()[0] 
    pakage = package_names.split('\n') 

    for package in packages: 
     if package ==your_package: 
     print 'true'

來源

2013-04-02 11:11:10 Mohan

您能否提供一些上下文給這段代碼？特別是它如何連接到正在運行的R會話並檢索是否安裝了特定的軟件包。儘管這可能起作用，但我發現代碼很難閱讀。存在更簡單和明確的方法，例如，看到我的答案。 –

pip freeze將列表轉儲獲取到系統 – Mohan

中的所有軟件包列表中，然後根據新行分割輸出數據並檢查它。 – Mohan

這裏是一個會做它在Python端（注意contriburl，應設置爲CRAN鏡，並且在那裏安裝磁帶庫發生故障的情況下，不處理）的功能。

from rpy2.rinterface import RRuntimeError 
from rpy2.robjects.packages import importr 
utils = importr('utils') 

def importr_tryhard(packname, contriburl): 
    try: 
     rpack = importr(packname) 
    except RRuntimeError: 
     utils.install_packages(packname, contriburl = contriburl) 
     rpack = importr(packname) 
    return rpack

來源

2013-04-02 12:55:39 lgautier

謝謝！至於CRAN鏡像，我應該從這個清單中選擇一個http://cran.r-project.org/mirrors.html？ –

我這麼認爲。如果在調用install_packages（）時沒有'contriburl'，R就要求交互式地輸入關於要使用哪個鏡像......並且我猜測你想要一些完全自動化的東西（如果交互很好，只需移除' contriburl'） – lgautier

對不起，現在纔回復你。我嘗試了你的解決方案，但是我得到了這個錯誤信息：'警告信息：在庫中（package，lib.loc = lib.loc，character.only = TRUE，logical.return = TRUE，：沒有名爲' gtools' .Primitive（「as.environment」）（「package：gtools」）中的錯誤：在搜索列表中沒有名爲「package：gtools」的項目＃ –

rpy2：檢查包是否安裝

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