計算許多序列的（平均值）序列偏差

Question

我有~13K個序列，有120個鹼基，我想比較它們以發現保守區域，它們之間的平均偏差或非常偏離的異常值。

問題是，用這個數量的序列我嘗試的東西是不可行的。

所以有人在這個大小做了類似的東西，可以給我一些提示如何實現它？或者，也許只是我應該尋找的一些提示？

Answer 1

使用PHYLIP程序包的dnadist程序。您在Biopython庫中有一些幫助來處理Phylip對齊格式here。