子集列

Question

我有一個矩陣，看起來像這樣：

> expressionMatrix 

     Sample_1 Sample_2 Sample_3 Sample_4 Sample_5 
Gene_1   1   2   3   4   5  
Gene_2   6   7   8   9  10 

和矢量：

outliers <- c("Sample_2", "Sample_3") 

如果我問的expressionMatrix一個子集僅包括在outliers樣品，工作正常：

subset(expressionMatrix, select=outliers) 

      Sample_2 Sample_3 
    Gene_   2   3 
    Gene_2   7   8 

不過，我似乎無法獲得信其中包括expressionMatrix的所有樣本，其中包括除outliers以外的所有樣本。

我想：

subset(expressionMatrix, select=-outliers) 

但返回一個錯誤：

Error in -(outliers) : invalid argument to unary operator 

然而，要求中值的矢量排除（不帶引號）直接做工作：

subset(expressionMatrix, select=-c(Sample_2, Sample_3)) 

     Sample_1 Sample_4 Sample_5 
Gene_1   1   4   5  
Gene_2   6   9  10 

我試圖通過收斂來做到這一點異常值它可以：

subset(expressionMatrix, select=-noquotes(outliers)) 

但仍然是同樣的錯誤。

Error in -noquote(outliers) : invalid argument to unary operator. 

爲什麼subset函數接受矢量對象要求列入的時候，卻沒有要求排除什麼時候？

Answer 1

首先，這裏是一個測試對象

expressionMatrix<-as.data.frame(matrix(1:10, nrow=2, 
    dimnames=list(paste("Gene",1:2,sep="_"), 
    paste("Sample",1:5, sep="_")))) 

就像你不把列引號包圍集爲subset=參數，你打算把不帶引號的名稱中的select=參數作爲好。該subset「魔術」般地變換名稱爲索引，以便

select=-c(Sample_2, Sample_3) 

轉化爲

select=-c(2,3) 

，您可以用指數只是dd[, -c(2,3)]罰款data.frame。但是，您從來沒有能夠將減號與字符向量一起使用。 「Netagive索引」僅適用於整數值。如果您將字符向量傳遞給select=，由於沒有空閒符號，它們不會被解析爲索引。所以你結束了dd[, -c("Sample_2", "Sample_3")]這是行不通的。 （如果你通過select=c("Sample_2", "Sample_3")，它會發生作用，因爲它保留「未翻譯」，並以dd[, c("Sample_2", "Sample_3")]就好）。你可以建立該呼叫並在混亂的方式

outliers<-as.call(c(`c`, lapply(c("Sample_2","Sample_3"), as.name))) 
do.call("subset", list(quote(expressionMatrix), select=outliers)) 

，但如果你真的想用字符串，可以使用更傳統的

outliers<-c("Sample_2","Sample_3") 
expressionMatrix[, setdiff(names(expressionMatrix), outliers)]