使用pyfits一次讀取FITS二進制表格

我有一個包含二進制表的60GB FITS文件。我想一次讀取（並處理）這個表一行/入口/行/塊*。使用pyfits一次讀取FITS二進制表格

（*我不能確定正確的命名）

我使用pyfits什麼，我想這樣做可以歸結爲簡單：

import pyfits 

hdulist = = pyfits.open("file.fits") 
# the binary table has to be in the 2nd extension 
# hence it is in hdulist[1] 

n_entries = hdulist[1].header['NAXIS2'] 

for i in xrange(n_entries): 
    entry = hdulist[1].data[i] # I am confused what happens at this step 

    # now do stuff with the values in entry 
    # .....

變量entry是<class 'pyfits.fitsrec.FITS_record'>型和長度等於二進制表中的列數。然而，看起來發生的是二進制表的整個被讀入該行的內存中：entry = hdulist[1].data[i]。

我已經查看了pyfits文檔，但我無法找到任何方法，似乎是通過表條目（或一次一小組條目）從表條目的二進制表擴展名中讀取數據。我不想從表中選擇某些條目，只是簡單地按順序掃描它們。

我想我的問題是：

0）的結果是什麼hdulist[1].data[i]一步發生了什麼？爲什麼一切都被讀入內存？（有沒有辦法解決這個問題？）

1）我錯過了什麼，pyfits能夠實際上做我想要的嗎？

2）那裏有另外一個python庫嗎？如果不是，我可以用不同的二進制（或其他壓縮/非ascii）格式（不是FITS）重新寫入數據，並找到一些其他的python庫或模塊做我想要的？

來源

2014-04-08 alexabate

pyfits目前缺少表格的行迭代器。如果數據列不需要從磁盤存儲格式轉換爲其「物理」值，那麼讀取表格就很快。但是，如果您嘗試閱讀這些專欄，它現在會爆炸。當表格界面正在被重寫時，我不會太反對它，但同時你可能想要嘗試一下fitits庫，它是CFITSIO周圍的Python包裝器，並提供高效的基於行的表格迭代。

來源

2014-04-09 14:36:57 Iguananaut

謝謝！我下載並安裝了[fitsio]（https://pypi.python.org/pypi/fitsio/0.9.3），這確實做了我想要的。上面的代碼變爲： '進口fitsio' '文件名= 「file.fits」' 'H = fitsio.read_header（文件名，電話分機= 1）'' n_entries = H [ 「NAXIS2」]' 'fits = fitsio.FITS（filename，iter_row_buffer = 1000）' '我在xrange（n_entries）：' 'entry = fits [1] [i] – alexabate

使用pyfits一次讀取FITS二進制表格

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