使用ggplot2調整比例熱圖

我是一個完整的新手R請原諒我，如果這已經被問了一個gazillion次。我正在嘗試使用R製作heatmap，接着這example，這是tsvs。使用ggplot2調整比例熱圖

這是一個例子。

name sam1 sam2 
a  0.2 0 
b  0.1 0.05 
c  0.3 0.06

對不起，我不能發佈我得到的圖（因爲我是新手）。

製作圖形時，刻度在0到1之間（數據在heatmap的範圍內從0到1重新縮放），但是我的文件中沒有大於0.3的值，因此我想知道它是否在heatmap中可能具有0到0.3之間的範圍。我不確定我是否在這裏提供了足夠的細節，請讓我知道是否需要在此處提供更多細節。

基本上我用

a <- read.table(file = "name", sep ="\t", header =T) 

a.m <- melt(a) 

a.m <- ddply(a.m, .(variable), transform, rescale = rescale(value)) 

(p <- ggplot(a.m, aes(variable, transposons)) + 
     geom_tile(aes(fill = rescale), colour = "yellow") + 
     scale_fill_gradient(low = "yellow", high = "darkgreen"))

任何幫助是最欣賞的，在此先感謝。

來源

2012-12-24 Amit

默認情況下我們有？ rescale

rescale(x, to = c(0, 1), from = range(x, na.rm = TRUE))

這就是爲什麼你的值是0和1.Just之間指定的最小值和最大值來？ rescale

a.m <- ddply(a.m, .(variable), transform, 
        rescale = rescale(value,to=c(0,0.3))))

來源

2012-12-24 09:09:55 agstudy

謝謝你解釋@agstudy，這個工作。 – Amit

@如果你沒事就可以檢查答案。 – agstudy

再次在一個小數據集上繪製圖。當然，使用你的建議會在圖形中產生0到0.3之間的比例，但我沒有看到使用建議產生的熱圖與使用默認重新比例選項產生的熱圖之間的顏色差異。 – Amit

使用ggplot2調整比例熱圖

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