使用Pysam在特定位置訪問Bam文件

我有給定的染色體編號和位置（chr1和位置1599812）。我想使用python的pysam模塊來訪問bam文件，以獲得只讀取特定區域chr1和位置1599812的讀取數字信息。我嘗試過使用pileup()，但它需要一系列位置，而在我的情況下，我只想要特定位置，而不是一個這樣的範圍。使用Pysam在特定位置訪問Bam文件

來源

2015-06-07 BioInformatician

嘗試添加更多的標籤，以便它是誰也許能幫助你找到你的問題的人更容易 –

你的bam索引？ – dkatzel

您是否嘗試將開始和結束索引設置爲相同的座標（警告基於0，而不是基於殘差） – dkatzel

如果您設置了相同的開始和結束，那麼堆積只會引用該特定位置。例如。（純samtools）：

$ samtools mpileup -r chr1:808957-808957 YourFile.bam 
chr1 808957 N 102 READSTRING READQUALITYSTRING

顯示102讀取覆蓋的位置808957的1號染色體

來源

2015-06-12 11:58:58 xbello

使用Pysam在特定位置訪問Bam文件

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