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我對使用R(只有幾個月)還不熟悉,並且我正在嘗試爲我的研究(生物學)構建貝葉斯網絡(BN)。我已經用離散變量完成了所有這些工作,但是,現在我正在嘗試整合連續,我知道這可能是一個問題。現在我只是建立一個BN來使用MoTBFs
包來構建一個混合網絡,使用bnlearn
包。這裏是我的數據:build.whitelist中的錯誤:白名單中存在未知節點標籤
head(training)
Sample rs12913832 rs16891982 rs12203592 rs1800407 rs3829241 rs1805007 rs1408799 rs683 rs3737576
1 1078 CT GG GG CT GG CC GG TT TT
2 1254 TT CC GG CC GG CC AG GG TT
3 1285 CT GG GG CC GG CC GG TT TT
4 1308 CT GG GG CC AG CT AG GT TT
5 1382 CC GG GG CC AA CT AG GT TT
我得到這個字串下工作,因爲我只是從上面的數據目標的幾個單核苷酸多態性:
bn.bayes.Leye<-mmhc(trainingmotbf2[,c(2:6,8,18,26)])
但是,它沒有創建正確的圓弧,所以我想創建一個白名單,它看起來像這樣(L是集未顯示上面列):
from to
1 L rs12913832
2 L rs1800407
3 L rs16891982
4 L rs1408799
5 L rs3829241
6 L rs12203952
7 L rs12896399
當我嘗試添加該白名單,叫white
到BN功能:
bn.bayes.Leye<-mmhc(trainingmotbf2[,c(2:6,8,18,26)],whitelist=white)
Error in build.whitelist(whitelist, nodes = names(x), data = x, algo = method, :
unknown node label present in the whitelist.
現在這個錯誤並不神祕,但白名單中的所有名字都在數據框中。 THey出現在成功在白名單中創建的bn中。我已經嘗試過將數據作爲因素和角色認爲必須是某種格式,但同樣的錯誤。我錯過了什麼?
有沒有人有經驗或建議使用連續的父節點和離散子節點來構建BN的包?也許MoTBFs
包不是我應該使用的。