如何將樹轉換爲R中的樹狀圖？

如何將樹（這是我的Java程序的輸出）轉換爲R中的樹狀圖？如何將樹轉換爲R中的樹狀圖？

目前，我使用here給出的建議將樹轉換爲Newick格式。然後我用ape包中的R讀取Newick格式的樹：

library("ape") 
cPhylo <- read.tree(file = "gc.tree")

最後我在R中，使用as.hclust樹轉換成樹狀圖：

dendrogram <- as.hclust(gcPhylo)

然而，樹狀要求分支長度。雖然我插入分支長度，我收到一個錯誤說這棵樹是不是超度量：

在as.hclust.phylo（gcPhylo）錯誤：樹是不是超度量

我猜插入分支長度時，我做錯了什麼。

有沒有其他方法可以遵循？或者，如何在將樹轉換爲Newick格式時插入分支長度？相等的分支長度會很好。

來源

2011-09-16 Burcu

見'as.hclust'的幫助 - 這隻能從類轉換對象'twins'什麼？ 'hclust'。因此你的代碼肯定無法工作。至於如何讓它工作，我很抱歉，但我沒有線索。 – Andrie

然後，這意味着與分支長度無關。所以它不可能使用as.hclust轉換它。然後我需要找到另一種方法。 – Burcu

我認爲問題其實是你的「gc.tree」不是超密度的。確保從根部到每個尖端的距離相同。下面的代碼工作：

library('ape') 
tree <- read.tree(text='(((A:4.2,B:4.2):3.1,C:7.3):6.3,D:13.6);') 
is.ultrametric(tree) 
is.binary.tree(tree) 
is.rooted(tree) 
hc <- as.hclust.phylo(tree)

但讓樹非超度量（注意D的分支長度）：

tree <- read.tree(text='(((A:4.2,B:4.2):3.1,C:7.3):6.3,D:15);')

和as.hclust.phylo會引發錯誤。

來源

2011-11-20 21:45:57 user116293

這是一個老問題，但到目前爲止答案還不夠完善。因爲我有同樣的問題，我的googlefoo是有找到答案的問題，在這裏你去：

library("ape") 
cPhylo <- read.tree(file = "gc.tree") 
dendrogram <- chronos(cPhylo)

來源

2014-12-08 19:50:31 Sandain

這是一個老問題，但以前所有的答案都需要樹被轉換之前進行超度量到樹狀圖對象。

可以使用DECIPHER包讀取從Newick格式文件樹形圖的對象：

dend <- ReadDendrogram(path_to_newick_file)

來源

2016-05-20 19:41:10

如何將樹轉換爲R中的樹狀圖？

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