的Python：與預期

我使用下面的代碼合併兩個文本文件的行爲不內循環：的Python：與預期

def combine_acpd_ccs(self, ccs_file, acps_file, out_file): 

    with open(ccs_file, 'r') as in_file1: 
     with open(acps_file, 'r') as in_file2: 
      with open(out_file, 'w') as out1: 
       out1.write('PDB\tPA\tEHSS\tACPS\n') 
       for line in in_file1: 
        segs = line.split() 
        for i in in_file2: 
         sse_score = i.split() 
         #print line 
         #print segs 
         if segs[0][:-4] == sse_score[0]: 
          out1.write(segs[0][:-4]+'\t'+segs[1]+'\t'+segs[2]+'\t'+sse_score[1]+'\n')

實例數據的模樣：

ccs_file：

1b0o.pdb 1399.0 1772.0 
1b8e.pdb 1397.0 1764.0

acps_file：

1b0o 0.000756946316066 
1b8e 8.40662008775 
1b0o 6.25931529116

我希望我出去把要像：

PDB PA EHSS ACPS 
1b0o 1399.0 1772.0 0.000756946316066 
1b0o 1399.0 1772.0 6.25931529116 
1b8e 1397.0 1764.0 8.40662008775

但我的代碼只是產生預期我輸出的最上面兩行。如果我在第二個for循環中打印segs，則只會將ccs_file中的第一行傳遞給循環。任何想法，我出了什麼問題？

來源

2012-05-03 Harpal

您可以將所有三個'with'語句放在一行上，以減少一些醜陋的嵌套。 – wim

問題是，在外部循環的每次迭代之後，您都不會重新打開/倒回in_file2。

已經執行

for i in in_file2:

所有後續嘗試遍歷in_file2不會做任何事情，因爲文件指針已經定位在文件的結尾。

如果這些文件相對較小，您可能需要將ccs_file加載到內存中，並進行字典查找。

來源

2012-05-03 15:58:45 NPE

這些文件比較大，超過100,000行。第二個循環結尾的in_file2.seek（0）是否足夠？ – Harpal

@Harpal：我認爲會的，但試試看吧。 – NPE

@Harpal：另外，10萬行並不是那麼多。如果將'ccs_file'加載到字典中，則可以使代碼運行得更快。 – NPE

的Python：與預期

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