fasta

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    喜價值,我有一個文本文件中像這樣: >NM_145914.2:212 TCTGATGGTAAAAGTCGAGGAGAAAGAAGA >NM_000614.3:1086 ATTCAATTTAAAATCAGACTCTTTAGTTGA >NM_012096.2:2808 CAGTTAAGGTTTCAAATTGTGGCAGGTGGT >NM_173465.3:1682 GTGCGTCGGGT

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    我有兩個文件,第一個(file1)包含幾個rexeges,而另一個(file2)包含FASTA序列。我的意圖是使用file1中的正則表達式來檢查它們是否匹配file2中的任何Fasta序列,並打印匹配至少一個序列的任何正則表達式,以及它們匹配的序列的數量。我希望提供我的示例代碼,但我甚至無法開始。請幫忙。 file1的結構是這樣的:每行都有一個ID,後跟'>>',然後是正則表達式; e.g FGE

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    請幫助改進以下代碼。我無法在單行中打印序列。想輸出印有四行的核苷酸頻率的四個字符之一。提前致謝。 enter code here #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my $A; my $T; my $G; my $C; my $fileIN; my $fileOUT; my $seq ; open ($fileIN, "ba

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    的多行字符串我想提取輸入文件中的字符串,如以下: >a11 UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA >a11 UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA >b22 UGGUCGACCAGUUGGAAAGUAAU >b22 ACUUCACCUGGUCCACUAGCCGU >b22 AGGUUGUCUGUGAUGAGUUCG >t33 UUAAUGCUAAUCGUGA

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    如何從fasta文件中提取序列 如果我有例如包含9個序列的fasta文件,每次我從文件中取3個序列,然後計算三個序列之間的距離: distance(seq1,seq2,seq3) 然後我採取其他三個序列 sequences=[] with open('example.fasta', 'r') as file: for Seq_record in SeqIO.parse(file,

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    提取FASTA文件的子序列我有DNA序列的小FASTA文件,該文件是這樣的: >NM_000016 700 200 234 ACATATTGGAGGCCGAAACAATGAGGCGTGATCAACTCAGTATATCAC >NM_000775 700 124 236 CTAACCTCTCCCAGTGTGGAACCTCTATCTCATGAGAAAGCTGGGATGAG >NM_00382

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    我有一個python腳本需要逐字讀取FASTA文件。爲此,我一直在使用c = f.read(1),其中f是打開的文件。我需要它來識別它何時到達行尾,但'\ n'和'\ r'似乎不起作用。我以前從來沒有使用過這種文件類型,所以我不確定FASTA是不同的。有誰知道如何做到這一點?謝謝! 編輯:EOF!= EOL。我知道如何找到文件的結尾。 編輯2:我使用搜索的EOL字符的行是這樣的: if c ==

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    我有一個文件(sequences.txt)與3- FASTA序列是這樣的: >Line40_Chr2L AAAA >Line41_Chr2L CCCC >Line42_Chr2L TTTT 我有寫一個代碼,讓我來存儲序列(withoud頭(> )在變量名爲$序列。 open INFILE, $infile or die "Can't open $infile: $!"; my $

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    我想讀取一個fasta文件,然後找到特定的主題(字符串)並打印出它的序列和次數。一個fasta文件只是一系列以標題行開頭的序列(字符串),而標題或新序列的開始標記爲「>」。在一個新的行後立即標題是字母順序。我沒有完成代碼,但到目前爲止,我有這個,它給了我這個錯誤: AttributeError:'str'對象沒有'next'的屬性 我不確定這裏有什麼問題。 import re header="

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    我試圖以一種與平臺無關的方式複製Linux shell的cat功能,以便我可以將兩個文本文件合併到下列方式: file_1包含: 42 bottles of beer on the wall file_2包含: Beer is clearly the answer 合併後的文件應包含: 42 bottles of beer on the wall Beer is clearly the