如何使用R中的「ComplexHeatmap」包在行註釋中添加ID變量？

我已經創建了一個基本的熱圖，其中列對應於時間點，每行代表一個人。在我的數據集中，我有一個ID變量，我希望它顯示在行註釋中，以便我可以清楚地看到熱圖中的哪些行對應於哪個個體。看看下面的圖片。如何使用R中的「ComplexHeatmap」包在行註釋中添加ID變量？

我只想個人ID，以顯示在左邊，樹狀圖和熱圖之間。

到目前爲止，我已經創建了一個矩陣與我的CSV文件

mymatrix<-as.matrix(mydata[ ,c(2:9)]

並運行熱圖功能，而迫使其集羣只在行

Heatmap(mymatrix,cluster_columns = FALSE)

另外，我想喜歡創建一個獨立的列，顯示在熱圖的右側，它代表個人的收入，但不會影響集羣。深色代表個人收入豐厚，色彩淡淡，收入薄弱。

謝謝你提供的任何幫助！

來源

2016-05-09 G.Ysrt

檢查'heatmap.3'包：https://cran.r-project.org /web/packages/heatmap3/vignettes/vignette.pdf – Jimbou

假設您的「ID」編碼爲id，「收入」編碼爲revenue。兩者都是矢量。您可以在熱圖如下：

revenue_col = c("large" = "black", "weak" = "grey") 
library(ComplexHeatmap) 
ht_list = rowAnnotation(id = row_anno_text(id, just = "right"), 
     width = max_text_width(id)) + 
    Heatmap(mymatrix, name = "mymatrix", cluster_columns = FALSE) + 
    Heatmap(revenue, col = revenue_col, width = unit(5, "mm") 
ht_list

要使樹狀圖的最左邊：

draw(ht_list, row_dend_side = "left")

來源

2016-07-11 12:55:09

如何使用R中的「ComplexHeatmap」包在行註釋中添加ID變量？

回答

相關問題