如何將兩個輸出文件管到bgzip它們？

我運行產生兩個輸出文件的命令，這兩個文件是非常大的，我會想管被bgzipped輸出，而不是輸出運行bgzip它被寫了。如何將兩個輸出文件管到bgzip它們？

這是我目前的命令：

samtools sort -n --threads 16 -l 0 $file --reference $ref.fa | samtools fastq - -1 $file_1.fastq -2 $file_2.fastq 
bgzip $file_1.fastq 
bgzip $file_2.fastq

是否有可能做所有這些在一個命令？

謝謝！

來源

2016-06-30 FairyDuster

那些「-1」和「-2」標誌是什麼意思？

如果他們的意思是「stdout重定向到文件」和「標準錯誤重定向到文件」，那麼您會這麼像：

（（YOUR_COMMAND）|的bZIP> $ file_1.fastq.bz）2> 1 | bZIP結構> $ file_2.fastq.bz

哪裏YOUR_COMMAND是一樣的，你在做什麼，只是沒有-1和-2。這裏的想法是將stdout發送到另一個管道和stderr。是的，這有點搖搖晃晃。（如果有較早在管線中報告了一個錯誤，它會在文件2.顯示）

如果這不是-1和-2平均值，然後...我不知道任何技巧。

來源

2016-06-30 23:26:05

謝謝，但我不認爲這是可行的。該命令將一個文件作爲輸入，並根據內容將它分爲兩個不同的文件，因此您必須指定-1和-2。謝謝你嘗試！ – FairyDuster

想通了！

samtools sort -n --threads 16 -l 0 $file --reference $ref.fa | samtools fastq - -1 >(pigz -p 12 > $file_1.fastq.gz) -2 >(pigz -p 12 > $file_2.fastq.gz)

來源

2016-07-01 00:12:24 FairyDuster

如何將兩個輸出文件管到bgzip它們？

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