2017-02-17 103 views
0

有沒有辦法使用sed在單個fasta文件中更改多個(最多十個)模式? 比如我想改變用於Y的X:sed編輯多個模式

sed "s/X/Y/g" <file1.fasta> output.fasta 

如何sed "s/\s/_/g"和8個命令添加到同一個班輪?

+0

不禁用換行線,所以這將是不正確的;你期望bash,awk和python標籤在這裏實現什麼? –

+0

你是否每次都更換所有單個字符? – anubhava

+0

我通常會將.fasta擴展名更改爲.txt,然後使用bash操作它 – Bio21

回答

3

您可以用分號

sed 's/a/b/;s/c/d/' 

分隔命令(你也可以使用換行符,而不是分號)

,或者您可以使用多個-e S:

sed -e 's/a/b/' -e 's/c/d/' 
3

看到這個例子:(用gnu sed測試):

kent$ echo 'abcd'|sed 's/a/1/;s/b/2/;s/c/3/;s/d/4/' 
1234 

kent$ echo 'abcd'|sed 'y/abcd/1234/'    
1234