使用csv自動編寫頭文件python

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我試圖編寫一個模式查找功能，它將fasta作爲輸入並輸出excel文件中的圖案。使用csv自動編寫頭文件python

我期望的輸出是這樣的..

SeqName  M1  Hits M2   Hits 
Seq1  MN[A-Z] 3  V[A-Z]R[ML] 2 
Seq2  MN[A-Z] 0  V[A-Z]R[ML] 5 
Seq3  MN[A-Z] 1  V[A-Z]R[ML] 0

我一直在試圖自動生成的頭，因爲我正在尋找的主題是超過2（在上面的例子中，有隻有兩個（M1和M2））。

是我一直努力看起來像這樣的代碼..

import re 
from Bio import SeqIO 
import csv 
import collections 

def SearchMotif(f1, motif, f2="motifs1.xls"): 
    with open(f1, 'r') as fin, open(f2,'wb') as fout: 
     writer = csv.writer(fout, delimiter = '\t') 

     writer.writerow(['M%s'%(i+1)for i in range(0,len(motif),1)]) 
     writer.writerow(['Hits' for i in range(0,len(motif),1)])

這產生

M1  M2 
Hits Hits

有什麼辦法，我可以讓我的頭行看起來像我期望的輸出？

點擊是靜態的，但M1會增加圖案的長度。所以，如果我有5種不同類型的圖案來搜索，它會像..

SeqName M1 Hits M2 Hits M3 Hits M4 Hits M5 Hits

來源

2015-11-26 Jessi

你可以給一個'motif'看起來像什麼和樣本對應的樣本的樣本？如果我們不知道輸入是什麼樣的，那很難提供幫助。 –

這很簡單。製作標題行，

>>> headerrow = ['SeqName'] 
>>> for i in range(1,6): 
... headerrow.append('M%d' % i) 
... headerrow.append('Hits') 
... 
>>> headerrow 
['SeqName', 'M1', 'Hits', 'M2', 'Hits', 'M3', 'Hits', 'M4', 'Hits', 'M5', 'Hits']

並寫入。

writer.writerow(headerrow)

來源

2015-11-26 23:00:42

使用csv自動編寫頭文件python

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