用perl變量執行系統

Question

我想在perl腳本中執行一個bash命令。我知道如何做到這一點，但是，當我嘗試將命令保存在一個變量中，然後執行它...我有問題。

這是我工作的Perl腳本內完美：

system("samtools", "sort", $file, "01_sorted.SNP"); 

這不是工作，我想知道爲什麼，以及如何解決...：

my $cmd = "samtools sort $file 01_sorted.SNP"; 
print "$cmd\n"; # Prints the correct command BUT... 
system($cmd); 

ERROR：

open: No such file or directory 

任何幫助，將不勝感激，謝謝！

Answer 1

您在後面的代碼段中有注射錯誤。因此，我的意思是，當你建立你的shell命令時，你忘了將$file的值轉換成一個產生值$file的shell文字。這真是一口，所以我會在下面說明這意味着什麼。

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說$file包含a b.txt。

my @cmd = ("samtools", "sort", $file, "01_sorted.SNP"); 
system(@cmd); 

相當於

system("samtools", "sort", "a b.txt", "01_sorted.SNP"); 

此執行samtools，並通過了三根弦sort，a b.txt和01_sorted.SNP把它作爲參數。

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my $cmd = "samtools sort $file 01_sorted.SNP"; 
system($cmd); 

相當於

system("samtools sort a b.txt 01_sorted.SNP"); 

此執行殼，傳遞字符串作爲要執行的命令。

反過來，外殼將執行samtools，經過串sort，a，b.txt和01_sorted.SNP把它作爲參數。

samtools無法找到文件a，所以它給出了一個錯誤。

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如果您需要構建shell命令，請使用String::ShellQuote。

use String::ShellQuote qw(shell_quote); 
my $cmd = shell_quote("samtools", "sort", "a b.txt", "01_sorted.SNP"); 
system($cmd); 

相當於

system("samtools sort 'a b.txt' 01_sorted.SNP"); 

此執行殼，傳遞字符串作爲要執行的命令。

接着，shell將執行samtools，將三個字符串sort，a b.txt和01_sorted.SNP作爲參數傳遞給它。

Answer 2

錯誤open: No such file or directory看起來不像Perl打印的錯誤，因爲system不會爲您輸出任何錯誤。這可能是由samtools打印的，因此請檢查您的文件名爲$file和01_sorted.SNP是否正確，並且存在文件。另外，如果$file包含空格，請在命令行中將其名稱放在引號中。或者，更好的是，根據評論中的建議使用system(@args)。

如果你沒有想法，使用strace運行腳本：

strace -f -o strace.log perl yourscript.pl 

，並檢查strace.log看到這open稱之爲失敗。