查找雙引號值，並使用AWK

例如有1000行的文件：

chr1  Cufflinks  transcript  34611  36081  1000  -  .  gene_id "FAM138A"; transcript_id "uc001aak.3"; FPKM "1.2028600217"; frac "1.000000"; conf_lo "0.735264"; conf_hi "1.670456"; cov "0.978610";

我要搜索文件和字符串FPKM之後提取值，如

"1.2028600217"

我可以使用awk嗎？

來源

2013-04-01 abh

，如果你不關心哪個列負責FPKM顯示，你可以：

grep -Po '(?<=FPKM)"[^"]*"' file

來源

2013-04-01 19:27:15 Kent

偉大謝謝 – abh

您可以用awk，但這是在這樣的sed單行簡單的替換更適合：

$ cat file 
chr1 Cufflinks transcript 34611 36081 1000 - . gene_id "FAM138A"; transcript_id "uc001aak.3"; FPKM "1.2028600217"; frac "1.000000"; conf_lo "0.735264"; conf_hi "1.670456"; cov "0.978610"; 
$ sed 's/.*FPKM *"\([^"]*\)".*/\1/' file 
1.2028600217

來源

2013-04-01 19:28:35

它給我整列不是FPKM價值 – abh

然後複製/粘貼的腳本不正確或有一些關於你有沒有與我們分享夜輸入文件。 –

謝謝你，我把它與肯特的帖子 – abh

查找雙引號值，並使用AWK

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