2009-11-15 162 views
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所以我得到了一個DNA序列。統計Python字符串中字母的出現次數

ACCAGAGCGGCACAGCAGCGACATCAGCACTAGCACTAGCATCAGCATCAGCATCAGC 
CTACATCATCACAGCAGCATCAGCATCGACATCAGCATCAGCATCAGCATCGACGACT 
ACACCCCCCCCGGTGTGTGTGGGGGGTTAAAAATGATGAGTGATGAGTGAGTTGTGTG 
CTACATCATCACAGCAGCATCAGCATCGACATCAGCATCAGCATCAGCATCGACGACT 
TTCTATCATCATTCGGCGGGGGGATATATTATAGCGCGCGATTATTGCGCAGTCTACG 
TCATCGACTACGATCAGCATCAGCATCAGCATCAGCATCGACTAGCATCAGCTACGAC 

我需要計算基數。

也出於某種原因,它可以有時它可以在同一個字符串中的大寫或小寫之間交替。

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請用家庭作業標記作業。 – 2009-11-16 03:11:38

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這不是hw BRO – y2k 2012-06-17 01:55:59

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我認爲這個問題非常好。即使這是作業,它也是一個有趣的問題。爲什麼不在這裏問它?從我的+1 – lhk 2012-12-02 12:07:37

回答

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for base in 'ACGT': 
    print base, thesequence.count(base) + thesequence.count(base.lower()) 
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謝謝你全心全意地陛下。 – y2k 2009-11-15 19:02:08

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出於好奇,是否有一個原因,你不做這些sequence.lower()。count(base.lower()),而不是?我猜這是爲了讓它更快,但我不是100%確定。 – 2009-11-15 19:03:47

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這種方式不一定更快,但它佔用更少的內存。由於DNA序列長**,這可能很重要。 – sth 2009-11-15 19:26:08

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