從python運行終端程序

我想運行一個python程序，該程序與終端進行交互以運行另一個程序，並在繼續前等待它完成。我曾嘗試過：從python運行終端程序

os.system('intersectBed -a Mutations.bed -b Promoters.bed -wb >Mutations.in.Promoters.bed') 

subprocess.call('intersectBed -a Mutations.bed -b Promoters.bed -wb >Mutations.in.Promoters.bed', shell=True)

既沒有按照我希望的方式運行，有沒有辦法做到這一點？

intersectBed是我希望運行的程序。如果我使用

with open('Mutations.in.Promoters.bed','w') as f: 
subprocess.call(['intersectBed','-a','Mutations.bed','-b','Promoters.bed', '-wb'], stdout=f)

它給出了一個錯誤，即沒有這樣的文件或目錄存在。但是，如果我把這個命令放入終端，它就能完美地工作。 intersectBed位於/ bin文件夾中。這有什麼區別嗎？

編輯*

with open('Mutations.in.Promoters.bed','w') as f: 
subprocess.call(['/usr/local/bin/intersectBed','-a','Mutations.bed','-b','Promoters.bed', '-wb'], stdout=f)

這個工作

來源

2014-02-07 user3266890

當你運行這些命令時會發生什麼？你得到什麼錯誤信息？ – pseudocubic

我沒有收到錯誤消息。它運行。它只是創建一個名爲Mutations.in.Promoters.bed的空白文件。這個創建的文件應該是大約2GB，而不是0KB。 – user3266890

是否指定''intersectBed''的完整路徑？ –

試試這個：

with open('Mutations.in.Promoters.bed', 'w') as f: 
    subprocess.call(['intersectBed', '-a', 'Mutations.bed', '-b', 'Promoters.bed', '-wb'], stdout=f)

參考的subprocess的documentation，應避免使用shell=True。

來源

2014-02-07 16:51:30

從python運行終端程序

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