計數和列出的基序在SAGE

Question

問題已正確回答在http://ask.sagemath.org/question/2612/motifs-and-subgraphs

我在隨機定向網絡計數3基序（3-節點isophormic類連接子圖）的數量。這有13個。一個是，例如S1 = {1 - > 2,2 - > 3}和另一個S2 = {1 - > 2,2 - > 3,1 - > 3}：它們是兩個不同的基序，並且我不會」當我實際找到S2時，計算S1。問題是S1在S2中，因此subgraph_search（）在每個S2中找到一個S1，並且所有相關函數都會繼承問題（計數錯誤，錯誤的迭代器...）。

不知道如何解決這個問題？類似的事情會發生的4節點圖案等等...我能已經數過之後，從圖中刪除S2的發生，但是這將是一個真正的可怕的伎倆（危險的，如果我想也算4圖案） 。

我使用的代碼是這樣：

import numpy 
M1 = DiGraph(numpy.array([[0,1,0],[0,0,1],[0,0,0]])) #first motif 
M5 = DiGraph(numpy.array([[0,1,1],[0,0,1],[0,0,0]])) #second motif 
g = digraphs.RandomDirectedGNP(20,0.1) #a random network 
l1 = [] 
for p in g.subgraph_search_iterator(M1): #search first motif 
    l1.append(p) #make a list of its occurences 
l5 = [] 
for p in g.subgraph_search_iterator(M5): #the same for the second motif 
    l5.append(p) 

Answer 1

訣竅是包括選項誘導=在subgraph_search（）函數作爲正確http://ask.sagemath.org/question/2612/motifs-and-subgraphs回答正確的。