根據文件名列表從目錄中的文件打印一些行

我試圖從基於正則表達式的目錄中的許多文件打印特定的行。我有一個文件名列表和一個包含這些文件的目錄。我只能弄清楚如何打印目錄中所有文件的行。但我需要的只是來自filename.txt列表中文件的打印行。根據文件名列表從目錄中的文件打印一些行

for f in ForPAML/*.paml; do grep -m 1 'Mm10' "$f"; done

我用上面的命令來打印目錄中所有文件都有Mm10的行。

FILENAME.TXT樣子：

Mus_Rn5_.02.aa.fa.afa.paml 
Mus_Rn5_.03.aa.fa.afa.paml 
Mus_Rn5_.04.aa.fa.afa.paml 
Mus_Rn5_.07.aa.fa.afa.paml

而且該目錄包含這些文件加上許多。

而文件Mus_Rn5_.03.aa.fa.afa.paml例如看起來像這樣。

2  54 
Mm10-chr19:41729055-41729126 
ACACTCGAAGCTGCTGGCCAGCAAAGTCATTCTTGTGGATCCGAGTGTTGTTGC 
1:268429604-268429675 
ACACTCGAAGCTGCTGCCCAGCAAAGTCATTCTTATGGATCCGAGTATTGTTAC

我需要打印包含「MM10」與文件名到一個新的文件一起行。事情是這樣的 Mus_Rn5_.02.aa.fa.afa.pamlMm10-chr19:41729055-41729126 Mus_Rn5_.03.aa.fa.afa.pamlMm10-chr11:34068938-34068969 Mus_Rn5_.04.aa.fa.afa.pamlMm10-chr11:34069868-34069905

...

此外，文件的目錄中的數量實在是太多了，所以我結束了「參數列表太長」的錯誤，那就是原因我使用了'for'循環似乎工作。

來源

2017-09-12 user210432

前綴代碼/數據有四個空格。請看[編輯幫助]（http://stackoverflow.com/editing-help）。 – Cyrus

您可以使用xargs的和awk：

xargs -a filename.txt awk '/Mm10/ { print FILENAME, $0 }' > results.txt

來源

2017-09-12 17:39:14

這工作！謝謝。 – user210432

根據文件名列表從目錄中的文件打印一些行

回答

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