有沒有辦法從hclust中獲得「子樹」？ （R）

Question

我希望從hclust對象創建一個「子樹」。

例如，假設我有以下對象：

a <- list() # initialize empty object 
a$merge <- matrix(c(-1, -2, 
        -3, -4, 
        1, 2, 
      -5,-6, 
      3,4), nc=2, byrow=TRUE) 
a$height <- c(1, 1.5, 3,4,4.5) # define merge heights 
a$order <- 1:6    # order of leaves(trivial if hand-entered) 
a$labels <- 1:6# LETTERS[1:4] # labels of leaves 
class(a) <- "hclust"  # make it an hclust object 
plot(a)      # look at the result 

現在，我想從它的提取物下面的子樹：

a <- list() # initialize empty object 
a$merge <- matrix(c(-1, -2, 
        -3, -4, 
        1, 2 
       ), nc=2, byrow=TRUE) 
a$height <- c(1, 1.5, 3) # define merge heights 
a$order <- 1:4    # order of leaves(trivial if hand-entered) 
a$labels <- 1:4# LETTERS[1:4] # labels of leaves 
class(a) <- "hclust"  # make it an hclust object 
plot(a)      # look at the result 

我怎麼能訪問它？

（我知道cutree可以讓我的子樹的對象，而不是創建一個實際hclust對象）的任何幫助

感謝，

塔爾

Answer 1

不知道這是什麼你要找的，但你可以

a <- as.dendrogram(a) 
branch1 <- a[[1]] 
branch2 <- a[[2]] 

par(mfrow=c(1,3)) 
plot(a) 
plot(branch1) 
plot(branch2) 

Answer 2

如果你有距離矩陣，那麼你可能會做同樣的事情到這一點：

subtree <- function(d, idx) { 
    hclust(dist(d[idx, idx])) 
} 
d <- matrix(rnorm(50 * 50), 50) 
s <- subtree(d, sample(1:50, 20)) 
plot(s)