遷移R庫

Question

我想在Linux上將多個R庫（*）從一個驅動器移動到另一個驅動器，並希望知道簡單移動是否可行和安全，或者是否應該卸載並重新安裝軟件包。我意識到圖書館的位置是通過.libPaths()確定的，並查看了「R安裝和管理」手冊以瞭解有關遷移圖書館的信息，但沒有看到推薦的過程。

我認爲三個選項：所有非基本包

1. 運行remove.packages()，並通過重新install.packages(lib = "/path/to/new/location")安裝。
2. 將使用mv庫（目錄），並使用符號鏈接指向到新的位置（並最終移除鏈接就好）
3. 使用mv命令在Linux中移動目錄批發和R_HOME/etc/Rprofile.site更新.Library.site，如建議R Installation and Administration manual

選項＃1是鈍的。選項＃2應該可以工作，但似乎有點不合適。

＃3安全嗎？還是存在嚴重的問題？我已經確定的問題是：目錄權限和任何軟件包設置存儲絕對路徑而不是相對路徑（這似乎是不健全和不必要的）的可能性。

關於絕對路徑的存儲，我發現rJava將R_HOME的位置存儲在名爲run的文件中。這不是一個圖書館問題本身，但它是一個包（和一個很好的包）的指示保持絕對路徑的私人副本。

（*）有幾個庫和許多包的分數。自然地，只有庫（目錄）被移動，但包可能會受到影響。

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更新1 /澄清：只是爲了澄清：我只遷移庫，而不是改變的R或版本的軟件包的版本。更新R或軟件包可以單獨完成，但問題是移動庫是否可行。看起來，如果有必要更新或重新安裝所有軟件包以確保正確安裝，那麼這是一個類似於選項＃1的路徑，比選項＃3更類似於選項＃1。

更新2：對another SO post的回答在升級時如何避免此問題有一些好的想法。我沒有升級R，但是Dirk Eddelbuettel建議不在R的文件樹中安裝軟件包是明智的。

Answer 1

選項＃3（複製舊庫新庫）應該工作...但是當且僅當你再運行：

update.packages(checkBuilt=TRUE) 

這樣需要重建新版本的軟件包將得到更新。通常情況下，新版本會添加要求（例如NAMESPACE在2.14.x中的即將要求）。

編輯：看到這只是在甲板椅子周圍移動....如果你正在移動任何基本的R安裝，我會退出第三個認可。它在Mac上適用於我，但我沒有看到R安裝和管理指南或R常見問題中的承諾，即應該工作。

# In original installation, get the non-default package list: 
save.pkg.list <- installed.packages()[is.na(installed.packages()[ , "Priority"]), 1] 
save(save.pkg.list, file="pkglist.Rdata") 
# If you want to use remove.packages() at this point it's fine. 
# Or just delete their directories. 

隨着R與設置您的喜好（甚至相同的舊安裝）.Libpaths一個新安裝的版本：您可以通過此程序完成＃1（這可能是最安全的在各種環境下）

load("pkglist.Rdata") 
install.packages(save.pkg.list) 

只是移動軟件包如果R可執行文件沒有被更改可能會成功一個新庫（假設你也改變.Libpaths），但我沒有Linux安裝到測試或知道任何指針的設置方式配置操作會受到影響。