如何在MATLAB中將行向量保存爲HDF？

出於某種原因，在MATLAB中hdf5write方法被自動轉換我行向量列向量，當我重新閱讀：如何在MATLAB中將行向量保存爲HDF？

>> hdf5write('/tmp/data.h5','/data',rand(1,10)); 
>> size(hdf5read('/tmp/data.h5','/data')) 

ans = 

    10  1

然而，在第三維行向量，它回來了就好了：

>> hdf5write('/tmp/data.h5','/data',rand(1,1,10)); 
>> size(hdf5read('/tmp/data.h5','/data')) 

ans = 

    1  1 10

我怎樣才能得到hdf5write做正確的事情行向量？他們應該回來爲1×10，而不是10×1

編輯問題稍微複雜一些，因爲我使用C-MEX基礎以後實際讀取數據，而不是hdf5read。此外，這個問題真的是在hdf5write，這是可見的HDF5文件本身：

>> hdf5write('/tmp/data.h5','/data',randn(1,10)); 
>> ! h5ls /tmp/data.h5 

data      Dataset {10}

也就是說，該數據被保存爲在HDF5文件中的一維數組。爲了比較，我嘗試使用實際的2-d矩陣（顯示它的樣子），1維列向量，1維向量沿着第三維，以及對於踢步，嘗試使用V71Dimensions技巧這是在幫助雙方hdf5read和hdf5write：

>> hdf5write('/tmp/data.h5','/data',randn(10,1)); %1-d col vector 
>> ! h5ls /tmp/data.h5 

data      Dataset {10} 
>> hdf5write('/tmp/data.h5','/data',randn(1,1,10)); %1-d vector along 3rd dim; annoying 
>> ! h5ls /tmp/data.h5 

data      Dataset {10, 1, 1} 
>> hdf5write('/tmp/data.h5','/data',randn(2,5)); %2-d matrix. notice the reversal in dim order 
>> ! h5ls /tmp/data.h5 

data      Dataset {5, 2} 
>> hdf5write('/tmp/data.h5','/data',randn(1,10),'V71Dimensions',true); %1-d row; option does not help 
>> ! h5ls /tmp/data.h5 

data      Dataset {10}

所以，這個問題似乎是在hdf5write。 'V71Dimensions'標誌不起作用：生成的hdf5文件仍然是數據集{10}而不是數據集{10,1}。

來源

2011-01-28 shabbychef

這是一個問題的閱讀。從help

[...] = hdf5read（...， 'V71Dimensions'， BOOL）指定是否改變多數從文件中讀取數據集。如果BOOL爲真，則hdf5read 會對數據集的前兩個維數進行置換，就像它在之前的版本（前面的MATLAB 7.1 [R14SP3]和）中那樣）。這種行爲的目的是爲了說明 HDF5和MATLAB表示陣列尺寸的差異。 HDF5以行優先順序描述數據集尺寸; MATLAB 以列優先順序存儲數據。然而，排列這些維度可能不正確地反映數據的意圖並且可能使元數據無效。當BOOL爲false（缺省值），數據尺寸正確反映作爲它被寫入所述文件中的數據排序 - 在輸出變量中的每個尺寸在文件相同的尺寸相匹配。

這樣：

hdf5write('/tmp/data.h5','/data',rand(1,10)); 
size(hdf5read('/tmp/data.h5','/data','V71Dimensions',true)) 
ans = 
    1 10

來源

2011-01-28 01:45:10 Jonas

我affraid爲此，你將不得不用Matlab的低級別HDF5 API。

在Matlab中，低級API可用於例如H5.open(...),H5D.write(...)等。這些名稱完全對應於C庫的名稱（請參閱HDF5 doc）。然而，它們所採用的參數略有不同，但matlab help函數會告訴你一切你需要知道的信息...

好消息是API的Matlab版本仍然不如C版。例如，你不必手動關閉數據類型，數據空間等，因爲當變量超出範圍時，Matlab會爲你關閉它們。

來源

2011-02-18 01:59:23 Simon

如何在MATLAB中將行向量保存爲HDF？

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