mpirun命令在bash中顯示奇怪的行爲

Question

我有一個快速的問題。

我最近嘗試使用我的學校的服務器來運行MPI程序，我碰到下面的「奇怪」的問題：

爲了執行「的mpirun」命令我只好它的路徑放到我的默認在.bashrc里路，我做到了，然後鍵入：

mpirun -n 16 ./myprogram 

只

得到一個錯誤約一個名爲缺少庫：libmpi.so.0

但是，如果我試圖運行使用全部的mpirun程序像下面的路徑

/usr/lib64/openmpi/bin/mpirun -n 16 ./myprogram 

一切都很好。

我查了openmpi的常見問題，它說，我需要把下面一行到我的.bashrc

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/lib 

這實際上固定的東西對我來說，但我的問題仍然沒有得到解決：

爲什麼說發生了什麼？

提前感謝您的時間。

Answer 1

由於Open MPI的包裝編譯器不會在編譯/鏈接myprogram時自動地清除libmpi.so所在的位置（我們在OMPI包裝器編譯器中傳遞的標誌中採用了最低限度的方法 - 如果它們'不是需要，我們不把它們放在那裏）。

具體而言，當您在Linux中運行可執行文件時，運行時鏈接程序將查找找到該可執行文件所需的所有庫（運行「ldd myprogram」，您將看到一系列庫myprogram需要）。它會查看所有系統默認位置（它們本身可以由系統管理員配置）。它還會查看由LD_LIBRARY_PATH指定的所有目錄 - LD_LIBRARY_PATH實際上是擴展鏈接程序目錄列表​​的每用戶方法，以便搜索以查找共享庫。

我猜libmpi.so不在任何系統默認位置，因此您需要在LD_LIBRARY_PATH中指定其目錄。

或者，您可以在鏈接myprogram時添加-rpath子句。例如：

mpicc myprogram.c -o myprogram -Wl,-rpath /opt/openmpi/lib 

這將嵌入位置的/ opt /了openmpi/lib添加到myprogram二進制文件本身，並鏈接器還將尋找在libmpi.so該位置（以及任何需要其他庫待解決）。例如：

# Without an rpath clause: 
[8:45] svbu-mpi:~/mpi % mpicc hello.c -o hello 
[8:45] svbu-mpi:~/mpi % ldd hello 
linux-vdso.so.1 => (0x00007ffff7ffe000) 
libmpi.so.0 => not found 
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x0000003d58c00000) 
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x0000003d59c00000) 
libnuma.so.1 => /usr/lib64/libnuma.so.1 (0x00007ffff7ddf000) 
libpci.so.3 => /lib64/libpci.so.3 (0x00007ffff7bd2000) 
librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x0000003d5a000000) 
libnsl.so.1 => /lib64/libnsl.so.1 (0x0000003d5c000000) 
libutil.so.1 => /lib64/libutil.so.1 (0x0000003d5a800000) 
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x0000003d59400000) 
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x0000003d59000000) 
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003d58800000) 
libresolv.so.2 => /lib64/libresolv.so.2 (0x0000003d5b000000) 

請注意libmpi.so條目中的「未找到」。

您可以設置LD_LIBRARY_PATH，並將它發現：

[8:45] svbu-mpi:~/mpi % setenv LD_LIBRARY_PATH /home/jsquyres/bogus/lib 
[8:45] svbu-mpi:~/mpi % ldd hello 
linux-vdso.so.1 => (0x00007ffff7ffe000) 
libmpi.so.0 => /home/jsquyres/bogus/lib/libmpi.so.0 (0x00007ffff7b06000) 
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x0000003d58c00000) 
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x0000003d59c00000) 
libnuma.so.1 => /usr/lib64/libnuma.so.1 (0x00007ffff78e8000) 
libpci.so.3 => /lib64/libpci.so.3 (0x00007ffff76db000) 
librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x0000003d5a000000) 
libnsl.so.1 => /lib64/libnsl.so.1 (0x0000003d5c000000) 
libutil.so.1 => /lib64/libutil.so.1 (0x0000003d5a800000) 
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x0000003d59400000) 
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x0000003d59000000) 
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003d58800000) 
libresolv.so.2 => /lib64/libresolv.so.2 (0x0000003d5b000000) 

或者你可以使用-rpath條款（然後在LD_LIBRARY_PATH設置變得無關緊要）：

[8:45] svbu-mpi:~/mpi % mpicc hello.c -o hello -Wl,-rpath /home/jsquyres/bogus/lib 
[8:45] svbu-mpi:~/mpi % ldd hello 
linux-vdso.so.1 => (0x00007ffff7ffe000) 
libmpi.so.0 => /home/jsquyres/bogus/lib/libmpi.so.0 (0x00007ffff7b06000) 
libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x0000003d58c00000) 
libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x0000003d59c00000) 
libnuma.so.1 => /usr/lib64/libnuma.so.1 (0x00007ffff78e8000) 
libpci.so.3 => /lib64/libpci.so.3 (0x00007ffff76db000) 
librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x0000003d5a000000) 
libnsl.so.1 => /lib64/libnsl.so.1 (0x0000003d5c000000) 
libutil.so.1 => /lib64/libutil.so.1 (0x0000003d5a800000) 
libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x0000003d59400000) 
libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x0000003d59000000) 
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003d58800000) 
libresolv.so.2 => /lib64/libresolv.so.2 (0x0000003d5b000000)