添加調整後的p值ggplot比較

我需要幫助添加調整後的p值（例如bonferroni）在ggplot boxplot而不是p值。我試圖用ggpub軟件包中的stat_compare_means做到這一點，在美學上使用..p.adj..，但是當我添加比較列表時，它不起作用。添加調整後的p值ggplot比較

ggplot(data= mydf, aes(x=B,y=A)) + 
    geom_boxplot() + 
    stat_compare_means(aes(label=..p.adj..), 
        comparisons = list(c("x","y"),c("x","z"),c("y","z")))

來源

2017-09-08 zercchi

這個怎麼樣;

library(ggplot2) 
library(ggpubr) 
mydf <- data.frame(A=1:300, B=rep(c("x","y","z"),100)) 
my_comparisons<- list(c("x","y"),c("x","z"),c("y","z")) 

p<- ggplot(data= mydf, aes(x=B,y=A)) + geom_boxplot() + 
    theme_bw()+ 
    stat_compare_means(aes(label=..p.adj..), comparisons = my_comparisons, 
        label.x = 1.5, label.y = 300) 
# Add p-value 
p + stat_compare_means(label.y = 280, label.x = 1.2)

# Change method 
p + stat_compare_means(method = "anova", label.y = 260, label.x = 2.2)

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[1]: https://i.stack.imgur.com/6UGw4.png 
[2]: https://i.stack.imgur.com/oriH8.png

來源

2017-09-09 01:12:59 Ashish

謝謝您的回答但多重比較校正P值不當我添加「比較」時顯示'stat_compare_means'中的''參數。我會用另一個例子。（「0.5」，「2」），c（「0.5」，「2」），c（「0.5」，「2」））' 'ggboxplot（ToothGrowth，x =「dose」，y =「len」，color =「dose」，palette =「jco」）+ stat_compare_means（aes（label = .. p.adj ..），comparisons = my_comparisons）' – zercchi

@zercchi你見過'？stat_compare_means'的幫助手冊。在它的'label'選項中，指定了'指定標籤類型的字符串。允許的值包括「p.signif」（顯示重要性級別），「p.format」（顯示格式化的p值）。我認爲，您需要'compare_means（）'因爲它有'p.adj'選項你正在尋找。 – Ashish

@Ashish：正如你在評論中指出的那樣，你的回答是錯誤的[「stat_compare_means（aes（label = .. p.adj ..）...」是不可能的]，所以請糾正它，否則會令人困惑。 – Mattma

添加調整後的p值ggplot比較

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