作爲變量輸出命令

Question

我正在編寫一個PBS腳本來一次處理多個文件並執行多個操作。

我想先解壓縮.gz文件（我稍後壓縮），然後處理解壓縮的文件。

下面將解壓縮在$file的文件，但我一旦我解壓縮文件，我想變$file指解壓縮後的版本：

for file in $READS/*2.fq.gz; 
do 
    gunzip $file 
    # continue script with the gunzipped file 
done 

喜歡的東西：

for file in $READS/*2.fq.gz; 
do 
    file=gunzip $file 
    # continue script with the gunzipped file 
done 

Answer 1

要刪除的文件$的.gz後綴：

file=${file%.gz} 

請注意，你可能也要檢查gunzip命令的結果，看它是否失敗：

for file in $READS/*2.fq.gz; 
do 
    if gunzip $file; then 
     file=${file%.gz} 
     # continue script with the gunzipped file 
    else 
     # gunzip failed (corrupt file?) and already output an error message 
     # try to recover? 
    fi 
done