heatmap.2和顏色鍵刻度標記

我已經使用heatmap.2在R中製作了一個熱圖，我唯一無法弄清楚的是如何控制顏色鍵上刻度線的存在和標記。我下面有一個例子。我想要做的是在顏色鍵的開頭和末尾用勾號標記來表示值的範圍（在本例中爲0-1），而不是標記爲0,0.4和0.8的6個刻度標記。我相信有一個簡單的方法來控制這個，但我似乎無法找到它。heatmap.2和顏色鍵刻度標記

library('gplots') 

data <- c(0, 0.1, 0.1, 0.2, 0.2, 0.7, 0.7, 0.8, 1) 
matr <- matrix(data, 3, 3) 

heatmap.2(matr, trace="none", density.info="none")

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編輯：

我能找到的唯一的解決方法是直接改變heatmap.2本身接受額外的參數，因爲這似乎是硬編碼的（在我的情況下，我想添加一個分和顏色鍵的最大範圍）。

原始heatmap.2

heatmap.2 <-function (...) 
{ 
... 
lv <- pretty(breaks) # line 362 
... 
}

更改爲：

heatmap.2 <-function (..., xMin = NULL, xMax = NULL, ...) 
{ 
... 
if(is.null(xMin)) lv <- pretty(breaks) 
else lv <- c(xMin, xMax) 
... 
}

來源

2014-05-12 James

你可能無法張貼圖片，但你一定能發表[大可重複的例子（http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great- R-重複性，例如） – MattLBeck

似乎得到標示實際蜱是從一個用戶/計算機到下一個不同。當我運行上面的代碼，我得到的標籤，正如我提到，在0，0.2，0.6和1，而當亨裏克做到了，他在0,0.4和0.8得到了標籤。也許有關，但我使用R V3.0.3和gplots 2.12.1。 – James

的「key.xtickfun」的說法是你想要的。將一個函數傳遞給此參數，該函數返回一個名稱列表，其元素將傳遞給「軸」函數。

在功能方面，我得到「休息」從父幀（gplots環境），讓他們漂亮，只保留第一和最後一個破發，這是最小值和最大值。然後，返回帶有「at」和「labels」的列表。「at」是從中斷處調用的scale01函數返回的值（也來自父框架）。「標籤」是標籤，應該是自己的標籤。

heatmap.2(matr, trace="none", density.info="none", 
      key.xtickfun = function() { 
      breaks = pretty(parent.frame()$breaks) 
      breaks = breaks[c(1,length(breaks))] 
      list(at = parent.frame()$scale01(breaks), 
       labels = breaks) 
      })

來源

2016-06-17 19:33:51

heatmap.2和顏色鍵刻度標記

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