如何在Linux集羣中安裝R包

我從我的大學獲得了集羣帳戶，並且在Linux集羣（redhat 2.6.18-128.el5）中安裝了R 2.13.0，但我無法安裝r軟件包。我試了下面的代碼如何在Linux集羣中安裝R包

install.packages('plyr')我選擇了CRAN鏡像爲1.然後我得到以下消息。

警告：無法訪問儲存庫 http://cran.ms.unimelb.edu.au/src/contrib警告消息索引：1：在 open.connection（CON，「R」）：無法解決 'cran.r-project.org' 2：在getDependencies（PKGS，依賴關係，可用的，LIB）：包 'plyr' 不可用（對於R版本2.13.0）

現在我由本地lib並試過

mkdir ~/R_libs 
install.packages("lattice",repos="http://cran.r-project.org", lib="~/R_libs/")

然後再次警告

警告：無法爲存儲庫訪問索引 http://cran.r-project.org/src/contrib警告消息：在 getDependencies（PKGS，依賴的，可用的LIB）：包 '格' 不是可用（對於R版本2.13.0）

我下載了軟件包，並上傳到羣集中。是否有可能從那裏安裝？

我沒有任何sudoers權限（管理員權限）。羣集有32個節點。

編輯： 我上傳了car_2.1-0.zip到集羣並嘗試了以下代碼。

R CMD INSTALL car_2.1-0.zip -l /R_libs

但我得到的響應如下所示

錯誤rawToChar（嵌段[seq_len（NS）]）：嵌入的NUL在字符串：「PK \ 003 \ 004 \ n \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ xef3ZG \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 0 \ 004 \ 0 \ 0 \ 0car/PK \ 003 \ 004 \ 024 \ 0 \ 002 \ 0 \ b \ 0 \ xe03ZGn \的Xaa \ XF3 \ x90Q \ 001 \ 0 \ 0 \ XA2 \ 002 \ 0 \ 0 \˚F\ 0 \ 0 \ 0car /現有\ x9dR \ xc1j \ 0021 \ 020 E'

有沒有什麼辦法可以克服這個問題？謝謝

來源

2015-11-12 bibinwilson

你有沒有通過集羣上網嗎？ – N311V

是的。我想是這樣的（我正在通過筆記本電腦訪問它）。我怎麼能符合它？ – bibinwilson

您可以通過ssh（Putty）訪問集羣，但仍然無法訪問Internet。此外，該zip文件可能是Windows版本而不是Linux。嘗試從命令行輸入'wget https：// cran.r-project.org/src/contrib/car_2.1-0.tar.gz'，如果您有互聯網訪問權限，它會下載正確的文件。一石二鳥。 – N311V

非常感謝您提供我的問題的詳細信息作爲評論。讓我在這裏總結所有這些信息。

而不是乞求你的系統管理員的，最好遵循以下程序

步驟1：https://cran.r-project.org/sources.html(i下載R-3.2.2）

第2步：從以下鏈接下載最新版本的R ：將其上傳到您的羣集（我在Windows 8中使用WinSCP。1）

步驟3：在我的情況下，使用下面的命令tar -xf R-x.y.z.tar.gz

它解其tar -xf R-3.2.2.tar.gz

步驟4：使用的代碼去那個目錄cd R-3.2.2

步驟5：式./configure或./configure --enable -r-shlib & & make

第6步：配置完成後，鍵入make

第7步：然後檢查內置系統正常工作由make check

享受！

來源

2015-11-15 17:20:58 bibinwilson

module load R

（說這是羣集上的R，所以現在它是你的道路上，你可以通過鍵入r，輸入）

export R_LIBS_USER=$HOME/apps/R:$R_LIBS_USER

（你還是在Linux命令行，不R中還）

（現在你進入R）

install.packages("packagename")

做得好，它將包安裝到HOME /應用/ R

library(packagename)

（嘗試一下，看看它的工作）

來源

2017-06-19 20:43:04 DragonRider

如何在Linux集羣中安裝R包

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