R：rJava包安裝失敗

Question

當使用install.packages("rJava")命令我碰到下面的錯誤安裝rJava：

checking Java support in R... present: 
interpreter : '/usr/bin/java' 
archiver : '/usr/bin/jar' 
compiler : '/usr/bin/javac' 
header prep.: '/usr/bin/javah' 
cpp flags : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux' 
java libs : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm' 
checking whether JNI programs can be compiled... yes 
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this. 
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’ 

我已經安裝了Java JDK和java -version返回如下：

$ java -version 
java version "1.6.0_20" 
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02) 

谷歌搜索時我發現其他人遇到同樣的問題，但除了「安裝整個JDK，不僅僅是JRE」之外，我找不到解決方案。

我讀的另一件事是運行sudo R CMD javareconf，它運行得非常愉快，沒有錯誤。

任何想法我的問題是什麼？

[[編輯]] 自從我有這個問題已經有幾個月了。我最初通過編輯我的Java路徑解決了這個問題，如下面發佈的答案所示。我最近在新的Ubuntu安裝中遇到了同樣的問題。我嘗試了Dirk的建議，使用apt-get來安裝rJava軟件包。它工作完美。我最初無法理解的是，使用Ubuntu apt-get方法安裝軟件包與使用R中的install.packages（）加載相同的軟件包完全不同。Ubuntu軟件包解決了一些我沒有意識到或欣賞的問題。

Answer 1

原來我的問題是我的JAVA_HOME環境變量的問題。是的，我知道，令人震驚。我對PATH和JAVA_HOME初始設置是這樣的：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun 
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin 

我加入/jre所以現在看起來是這樣的：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre 
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin 

在Java中一切似乎都沒有/jre做工精細，但rJava不會。奇。

Answer 2

豈不

apt-get install r-cran-rjava 

已經更容易？你可以問我useR！ :)

Answer 3

在AMD64上運行R下Gentoo。我升級至R 2.12.0

[R版本2.12.0（2010-10-15） 版權所有（C）2010將R基金會統計計算 ISBN 3-900051-07-0 平臺：x86_64的-PC -linux-gnu（64位） 那些討厭的消息就消失了。

一月的VanderMeer

Answer 4

感謝 - 您的建議對$JAVA_HOME導致我到一個類似的解決方案：

prompt$ unset JAVA_HOME 

調用R.

Answer 5

這爲我工作在Ubuntu 12.04和R 3版之前。0

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include 

這是一個具有jni.h

接下來，創建一個軟鏈接到其他需要的頭文件（我懶得找出如何以包括JAVA_CPPFLAGS多個目錄的目錄下面的選項）：

sudo ln -s linux/jni_md.h . 

最後

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include 

Answer 6

我做的是在這裏：

1. /etc/apt/sources.list中添加：

   DEB http://ftp.de.debian.org/debian SID主要

注：rjava應該是最新版本

2執行命令 sudo apt-get update sudo apt-get install r-cran-rjava

一旦更新舊版本的rjava，則可以安裝rhdfs_1.0.8。

Answer 7

我試圖安裝openjdk-7- *，但仍然遇到安裝rJava的問題。在我重新啓動計算機後發生故障，完全沒有問題。

所以

sudo apt-get install openjdk-7-* 


RESTART after installing java, then try to install package "rJava" in R 

Answer 8

我碰到了同樣的問題，它下面運行命令後工作。

export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl" 
R CMD javareconf 

查看詳情在 http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html

Answer 9

下面是我在另一篇文章的一個答案 - error: unable to load installed packages just now
（這也是有關這個問題）

對於Linux（Ubuntu的）用戶：如果您已安裝oracle-java (7/8)。它將在這個位置/usr/lib/jvm和sudo訪問是必需的。

創建文件/etc/ld.so.conf.d/java.conf帶有以下各項：

/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64 
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server 

（取決於你的Java版本取代Java-8-甲骨文的Java 7甲骨文）

然後：

sudo ldconfig 

重新啓動RStudio，然後安裝rJava軟件包。

Answer 10

我在Ubuntu 16.04上遇到了類似的問題，並且能夠通過在/usr/lib/jvm中創建一個名爲「default-java」的文件夾並將其複製到/usr/lib/jvm/java-8-oracle的所有內容來解決此問題。我選擇了這個解決方案，因爲糾正了JAVA_HOME環境變量是沒用的。

Answer 11

我得到它的工作通過下載：https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz和運行指令R CMD安裝rJava_0.9-8.tar.gz

Answer 12

的rJava包查找的/usr/lib/jvm/default-java/文件夾。但它作爲默認不可用。該文件夾具有爲系統配置的默認java的符號鏈接。

要激活默認的Java安裝以下軟件包：

sudo apt-get install default-jre default-jre-headless

測試在Ubuntu 17.04與CRAN [R 3.4.1

Answer 13

什麼工作對我來說是從文件中更改JAVA_HOME /usr/lib/R/etc/javaconf

我首先檢查了我的Java版本是什麼：sudo update-alternatives --config java。 對我來說，這是java-8-oracle

我打開文件/usr/lib/R/etc/javaconf和java-8-oracle取代default-java：

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle} 

然後sudo R CMD javareconf

我重新啓動RStudio：

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java} 

替換，然後可以安裝rJava。