Biopython，PYTHONPATH，找到模塊的問題

我安裝了Biopython，但我無法讓計算機識別模塊。例如，我在科莫多創建一個文本文件是這樣的：Biopython，PYTHONPATH，找到模塊的問題

from Bio.Alphabet import IUPAC 
from Bio import Seq 
my_prot=Seq.Seq("AGTACACTGGT",IUPAC.protein)

並在終端上運行它，並得到：

Traceback (most recent call last): 
    File "bio.py", line 1, in <module> 
    from Bio.Alphabet import IUPAC 
ImportError: No module named Bio.Alphabet

爲了記錄在案，我不能讓模塊在交互模式導入無論是。該文檔指出，我可以通過導出到一個名爲PYTHONPATH的環境變量（如PATH）來附加模塊搜索路徑，但是當我在終端中鍵入'env'時，我看不到這種排序的環境變量。我是一名生物學家 - 不是計算機科學家或程序員。如果這聽起來像是無稽之談，請忍受我的天真。

來源

2012-06-25 Guy Fleegman

您必須找到您需要的模塊（Bio）位於哪個目錄中，然後將目錄的路徑添加到PYTHONPATH。

$ export PYTHONPATH=/usr/local/bio-python/

而不是/usr/local/bio-python/您必須指定您找到的路徑。

要找到你必須使用類似的模塊：

$ find/-name \*Bio\*

這僅僅是一個例子。當然，如果您可以提供一些其他信息（例如，您已安裝模塊的位置等），則會更好。

來源

2012-06-25 16:06:26

啊，好的。看起來我已經通過設置我的PYTHONPATH來設置PATH的方式來實現它。那麼現在我的問題是：我如何做到這一點，以便每次開始bash時都不必重新分配PYTHONPATH變量？ –

有幾種選擇。第一個：你可以將'export PYTHONPATH =/usr/local/bio-python /'添加到'〜/ .bash_profile'中。第二個：你可以修改你的腳本，使它自動添加目錄到自己的PATH（'sys.path'）。還有其他方法。 –

再次感謝伊戈爾。我修改了我的.bash_profile以包含導出我的PYTHONPATH。雲已經分開了。 –

-2

按下開始按鈕，右鍵點擊我的電腦，選擇屬性，進入高級，點擊環境變量。然後找到你的路徑變量，並編輯它通過添加分號，然後你的路徑。例如，如果我目前的路徑變量是「C：\ Program Files \ Java \ jdk1.7.0_02 \ bin」，我可以將其更改爲「C：\ Program Files \ Java \ jdk1.7.0_02 \ bin;（ PUT PATH HERE）「

來源

2012-06-25 16:06:38

感謝Adam。我在OS X中運行終端，但是我會記住，如果我發現自己需要更改Windows PC上的PATH設置。 –

Biopython，PYTHONPATH，找到模塊的問題

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