2017-02-13 92 views
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我有大文件給出下面的示例。我想分割它到多個文件,第一行文件的名稱示例'FP3SLUG00012600.txt'拆分大文件,將第一行添加爲文件名

我能夠將它分成多個開始在「>」但無法命名第一行作爲文件名。

 
>FP3SLUG00012600 
ACCCTCCACGACACTCCTCAAGATCTCACCAAAATGCCCGGCAAGGTCAAGGCGTATGAG 
>FP3SLUG00012602 
ACCCTCCACGACACTCCTCAAGATCTCACCAAAATGCCCGGCAAGGTCAAGGCGTATGAG 
>FP3SLUG00012603 
ACCCTCCACGACACTCCTCAAGATCTCACCAAAATGCCCGGCAAGGTCAAGGCGTATGAG 
>FP3SLUG00012604 
ACCCTCCACGACACTCCTCAAGATCTCACCAAAATGCCCGGCAAGGTCAAGGCGTATGAG 

在它的內容需要

文件1輸出文件:

文件

FP3SLUG00012604.txt

 
>FP3SLUG00012604 
ACCCTCCACGACACTCCTCAAGATCTCACCAAAATGCCCGGCAAGGTCAAGGCGTATGAG 

文件2:FP3SLUG00012603.txt

 
>FP3SLUG00012603 
ACCCTCCACGACACTCCTCAAGATCTCACCAAAATGCCCGGCAAGGTCAAGGCGTATGAG 

回答

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你可以試試awk對於拆分一個multifasta文件

awk '/^>/{filename=substr($1,2) ".txt"}{print > filename}' file.fasta 

你得到的格式FASTA

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知府與序列幾個文件。按我需要工作。感謝您的快速回復 – kapr0001

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@ kapr0001在此網站中,感謝解決您問題的人的最佳方式是接受他的回答作爲解決您的問題的方法。 –