在Linux（或R）中將兩個文件與一個共同列重複組合

Question

我有兩個大文件，包含多個列和行。這兩個文件都包含TAG列，它在一個文件中沒有重複項，而在另一個文件中有重複項。

看到這樣的：

FILE1：

stat stat P-value tag 
0.3049 7.464 1.875e-11 L2_None_chr1_-_109092036 
0.2961 7.448 2.105e-11 L2_None_chr1_-_109092036 
0.2934 7.347 3.389e-11 L2_None_chr1_-_109092036 
0.2961 7.245 5.668e-11 L2_None_chr1_-_109092036 
0.6682 7.284 4.664e-11 L2_None_chr1_-_109957962 
0.6682 7.284 4.664e-11 L2_None_chr1_-_109957962 
0.3933 7.363 3.127e-11 L2_None_chr1_-_159842839 
0.3808 7.284 4.672e-11 L2_None_chr1_-_159842839 
0.2993 7.17 8.278e-11 L2_None_chr1_-_169972458 
0.3312 7.817 3.075e-12 L2_None_chr1_-_203626998 
0.3312 7.817 3.075e-12 L2_None_chr1_-_203626998 
0.614 7.616 9.742e-12 L2_None_chr1_-_569826 
0.6411 7.58 1.037e-11 L2_None_chr1_-_569826 
0.5755 7.275 4.871e-11 L2_None_chr1_-_569826 
0.6893 7.26 5.255e-11 L2_None_chr1_-_6546011 
0.3136 7.529 1.35e-11 L2_None_chr1_-_91180355 
0.3262 7.449 2.023e-11 L2_None_chr1_-_91180355 
0.298 7.151 9.129e-11 L2_None_chr1_-_91180355 
0.2999 7.149 9.201e-11 L2_None_chr1_-_91182695 
0.5383 7.189 7.534e-11 L2_None_chr1_-_91183491 

FILE2：

L2_None_chr1_-_109092036 chr1 109092034 
L2_None_chr1_-_109957962 chr1 109957879 
L2_None_chr1_-_159842839 chr1 159842779 
L2_None_chr1_-_169972458 chr1 169972444 
L2_None_chr1_-_203626998 chr1 203626983 
L2_None_chr1_-_569826 chr1 569802 
L2_None_chr1_-_6546011 chr1 6545930 
L2_None_chr1_-_91180355 chr1 91180310 
L2_None_chr1_-_91182695 chr1 91182572 
L2_None_chr1_-_91183491 chr1 91183389 

我想要的東西;

stat P-value tag tag chr bp 
7.464 1.875e-11 L2_None_chr1_-_109092036 L2_None_chr1_-_109092036 1 109092036 
7.448 2.105e-11 L2_None_chr1_-_109092036 L2_None_chr1_-_109092036 1 109092036 
7.347 3.389e-11 L2_None_chr1_-_109092036 L2_None_chr1_-_109092036 1 109092036 
7.245 5.668e-11 L2_None_chr1_-_109092036 L2_None_chr1_-_109092036 1 109092036 
7.284 4.664e-11 L2_None_chr1_-_109957962 L2_None_chr1_-_109957962 1 109957962 
7.284 4.664e-11 L2_None_chr1_-_109957962 L2_None_chr1_-_109957962 1 109957962 
7.363 3.127e-11 L2_None_chr1_-_159842839 L2_None_chr1_-_159842839 1 159842839 
7.284 4.672e-11 L2_None_chr1_-_159842839 L2_None_chr1_-_159842839 1 159842839 
7.17 8.278e-11 L2_None_chr1_-_169972458 L2_None_chr1_-_169972458 1 169972458 
7.817 3.075e-12 L2_None_chr1_-_203626998 L2_None_chr1_-_203626998 1 203626998 
7.817 3.075e-12 L2_None_chr1_-_203626998 L2_None_chr1_-_203626998 1 203626998 
7.616 9.742e-12 L2_None_chr1_-_569826 L2_None_chr1_-_569826 1 569826 
7.58 1.037e-11 L2_None_chr1_-_569826 L2_None_chr1_-_569826 1 569826 
7.275 4.871e-11 L2_None_chr1_-_569826 L2_None_chr1_-_569826 1 569826 
7.26 5.255e-11 L2_None_chr1_-_6546011 L2_None_chr1_-_6546011 1 6546011 
7.529 1.35e-11 L2_None_chr1_-_91180355 L2_None_chr1_-_91180355 1 91180355 
7.449 2.023e-11 L2_None_chr1_-_91180355 L2_None_chr1_-_91180355 1 91180355 
7.151 9.129e-11 L2_None_chr1_-_91180355 L2_None_chr1_-_91180355 1 91180355 
7.149 9.201e-11 L2_None_chr1_-_91182695 L2_None_chr1_-_91182695 1 91182695 
7.189 7.534e-11 L2_None_chr1_-_91183491 L2_None_chr1_-_91183491 1 91183491 

我R中試功能match但這不能完全幫助我......

Answer 1

這點應該是：

merge(dat,dat1,by.x='tag',by.y='tag') 
         tag stat stat.1 P.value V2  V3 
1 L2_None_chr1_-_109092036 0.3049 7.464 1.875e-11 chr1 109092034 
2 L2_None_chr1_-_109092036 0.2961 7.448 2.105e-11 chr1 109092034 
3 L2_None_chr1_-_109092036 0.2934 7.347 3.389e-11 chr1 109092034 
4 L2_None_chr1_-_109092036 0.2961 7.245 5.668e-11 chr1 109092034 
5 L2_None_chr1_-_109957962 0.6682 7.284 4.664e-11 chr1 109957879 
6 L2_None_chr1_-_109957962 0.6682 7.284 4.664e-11 chr1 109957879 
7 L2_None_chr1_-_159842839 0.3933 7.363 3.127e-11 chr1 159842779 
8 L2_None_chr1_-_159842839 0.3808 7.284 4.672e-11 chr1 159842779 
9 L2_None_chr1_-_169972458 0.2993 7.170 8.278e-11 chr1 169972444 
10 L2_None_chr1_-_203626998 0.3312 7.817 3.075e-12 chr1 203626983 
11 L2_None_chr1_-_203626998 0.3312 7.817 3.075e-12 chr1 203626983 
12 L2_None_chr1_-_569826 0.6140 7.616 9.742e-12 chr1 569802 
13 L2_None_chr1_-_569826 0.6411 7.580 1.037e-11 chr1 569802 
14 L2_None_chr1_-_569826 0.5755 7.275 4.871e-11 chr1 569802 
15 L2_None_chr1_-_6546011 0.6893 7.260 5.255e-11 chr1 6545930 
16 L2_None_chr1_-_91180355 0.3136 7.529 1.350e-11 chr1 91180310 
17 L2_None_chr1_-_91180355 0.3262 7.449 2.023e-11 chr1 91180310 
18 L2_None_chr1_-_91180355 0.2980 7.151 9.129e-11 chr1 91180310 
19 L2_None_chr1_-_91182695 0.2999 7.149 9.201e-11 chr1 91182572 
20 L2_None_chr1_-_91183491 0.5383 7.189 7.534e-11 chr1 91183389 

Answer 2

你可能找Linux的join命令。 man join是一個開始，你的命令將水木清華這樣

join -1 4 -2 1 <(sort FILE1) <(sort FILE2) 

-1和-2指定將用於匹配相應的文件中的字段。如果文件已經排序，則不需要sort。