在Rprofile.site中使用.libPaths更改R默認庫路徑無法工作

Question

我在Windows上運行R，而不是以管理員身份運行。當我安裝一個軟件包，下面的命令不起作用：

> install.packages("zoo") 
Installing package(s) into ‘C:/Program Files/R/R-2.15.2/library’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
Warning in install.packages : 
    'lib = "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"' is not writable 

要安裝包，我必須指定庫的位置：

install.packages("zoo", lib="C:/software/Rpackages") 

要裝入一個包，我也有指定庫的位置：

library("zoo", lib.loc="C:/software/Rpackages") 

所有這一切都OK，但我想看看我是否能添加C:/software/Rpackages到庫路徑不知何故，因此不必每次都輸入了。

正如我在網上搜索，我發現，這樣做的一個方法是編輯Rprofile.site文件，並添加行

.libPaths("C:/software/Rpackages") 

但是，這樣做，並開始RStudio後，這是輸出我得到

> .libPaths() 
[1] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library" "C:/Program Files/RStudio/R/library" 

，我加入到Rprofile.site的.libPaths命令似乎並沒有有任何影響！爲什麼會這樣？或者更重要的是，我該如何解決這個問題，以便我可以在不輸入庫位置的情況下安裝和加載包？

注：如果我開始RStudio的.libPaths()命令似乎它應該

.libPaths("C:/software/Rpackages") 
> .libPaths() 
[1] "C:/software/Rpackages"    "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library" 

工作是不是很奇怪嗎？

Answer 1

我一般儘量保持我的所有包在一個庫，但如果你想添加一個圖書館爲什麼不新庫追加到現有的庫：

.libPaths(c(.libPaths(), "~/userLibrary")) 

然後我得到：

> .libPaths() 
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library" 
[2] "/Users/davidwinsemius/userLibrary" 

.libPaths函數與大多數其他非圖形函數有點不同。它通過副作用起作用。報告並更改R環境變量的功能Sys.getenv和Sys.setenv已拆分，但.libPaths可以報告或更改其目標。有關將R啓動過程中的信息可以在?Startup幫助頁面，閱讀和有RStudio材料在：https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200549016-Customizing-RStudio

你的情況看來，RStudio不尊重Rprofile.site設置或者是通過讀取一個覆蓋它們。從RStudio的默認設置之一進行Rprofile設置。還應該提及的是，該操作的結果還會將調用的內容附加到.Library和.Library.site，這也是爲什麼託管R的RStudio（或任何其他IDE或網絡安裝的）可能表現出不同行爲的另一個原因。

Answer 2

我設法解決了這個問題，將代碼放在.Rprofile文件中的默認工作目錄中。

首先，我找到了默認的工作目錄

> getwd() 
[1] "C:/Users/me/Documents" 

然後我用一個文本編輯器編寫一個簡單的.Rprofile文件，下面一行是

.libPaths("C:/software/Rpackages") 

最後，當的位置我開始R並運行.libPaths()我得到所需的輸出：

> .libPaths() 
[1] "C:/software/Rpackages"    "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library" 
[3] "C:/Program Files/RStudio/R/library" 

Answer 3

正確的解決方案是將環境變量R_LIBS_USER設置爲所需庫文件夾的文件路徑的值，而不是讓RStudio識別Rprofile.site文件。

要在Windows中設置環境變量R_LIBS_USER，請轉到控制面板（系統屬性 - >高級系統屬性 - >環境變量 - >用戶變量）爲所需的值（庫文件夾路徑）

Variable name: R_LIBS_USER 
Variable value: C:/software/Rpackages 

設置R_LIBS_USER將確保庫首先顯示了在.libPaths（）無論直接或通過右鍵單擊一個文件，「打開方式」開始RStudio開始RStudio的。

如果始終通過單擊RStudio快捷方式啓動RStudio，則Rprofile解決方案可以工作。在這種情況下，setting the default working directory to the directory that houses your Rprofile就足夠了。單擊文件啓動RStudio時，Rprofile解決方案不起作用，因爲它會將工作目錄從默認工作目錄中移開。

Answer 4

如果您沒有管理員權限，這也可以幫助打開Rprofile.site -file位於\ R-3.1.0 \等並添加：

.First <- function(){ 
    .libPaths("your path here") 
} 

此評估.libPath()命令直接啓動

Answer 5

我真的很難理解這一點。 gorkypl在上次重新安裝我的操作系統Rstudio時提供了正確的解決方案，但是這一次，設置我的環境變量沒有解決。

卸載R和Rstudio，創建目錄C：\ R和C：\ Rstudio，然後重新安裝兩者。

將R_LIBS_USER用戶變量定義到您的首選目錄（根據gorkypl的答案），並重新啓動您的機器以便加載用戶變量。打開Rstudio，錯誤應該消失。

您也可以使用Sys.setenv()將R_LIBS_USER修改爲您的替代庫的路徑，該路徑更簡單，無需重新啓動計算機。

要查看R_LIBS_USER設置爲： ?Sys.getenv()

閱讀help(Startup)是非常有用的。

Answer 6

getwd() 

[1]「C：/ Users/........../軟件/我的[R工作室」 #copy雙倒逗號上面的鏈接

.libPaths(new="C:/Users/............/software/My R studio") 
#your default path will change for installing pakages 

Answer 7

如果你的默認包庫已安裝R的新版本後，或通過任何其他方式被改變，可以追加兩個庫使用所有的軟件包與下面的命令的幫助 獲取現有的庫路徑：

.libPaths()

現在，將現有的和舊的路徑：

.libPaths(c(.libPaths(), "~/yourOldPath"))

希望它有幫助。

Answer 8

我閱讀了自述文件。在那裏他們提到在命令行中使用.libPaths（）來檢查哪些路徑在那裏。我之前有2個庫路徑。當我在需要的地方使用命令.libpath（「C：/ Program Files/R/R-3.2.4revised/library」）時，它改變了庫路徑。當我再次在命令行鍵入.libPaths（）時，它向我顯示了正確的路徑。希望這有助於

Answer 9

我發現我認爲是一個解決方案here（感謝您在SFU的Carl Schwarz）添加一個永久性的個人庫（您不必定義每個會話）可以識別使用R還是Rstudio ，Rstudio將它視爲我Mac機上的默認設置。我沒有看到它明確地闡述了這一點，所以我總結了他們提供的步驟，Windows和Mac。

對於Windows 7操作系統：

1. ，你想擁有你的私人圖書館，如在驅動器上創建一個目錄C：\用戶\ Rlibs（或其他你有權限）

2. 搜索/去「編輯環境變量爲您的帳戶」

3. 單擊「新建...」中的中間「環境變量」窗口

4. 在「新用戶變量」窗口中，鍵入R_LIBS作爲「變量名稱」以及您創建的個人庫目錄的路徑，例如C：\用戶\ Rlibs

5. 點擊OK，你應該看到在用戶變量窗口中的變量/值對

6. 再次單擊確定

現在，當你啓動R（或Rstudio）並鍵入命令.libPaths()，您應該看到您創建的個人圖書館以及R系統圖書館。

對於Mac：

1. 在你的 「家」 或 「用戶名」 目錄下創建一個名爲Rlibs

2. 啓動終端應用程序的文件夾

3. 類型：echo "R_LIBS=~/Rlibs"> .Renvrion確保大小寫匹配。

4. 類型ls -a看到目錄中的文件的完整列表，現在應該包括.Renvrion

5. 驗證.Renviron文件已正確設置：more .Renviron

啓動R/Rstudio並鍵入.libPaths()，您應該會看到個人圖書館的新路徑。

Answer 10

我正在研究這個，因爲R有問題安裝到默認位置，而是隻是將軟件包放入臨時文件夾。事實證明，這是Mcaffee Endpoint Security的最新更新，顯然與R存在問題。您可以在安裝軟件包時禁用威脅防護，並且它可以正常工作。

Answer 11

https://superuser.com/questions/749283/change-rstudio-library-path-at-home-directory

編輯〜/ .Renviron

R_LIBS_USER=/some/path