R：由於丟失符號而無法加載data.table _omp_set_num_threads

我有一個包含導入列表的R包，從未遇到加載最新版本的問題。我剛剛將data.table添加到列表中，現在無法加載該包。R：由於丟失符號而無法加載data.table _omp_set_num_threads

OS：MACOS塞拉利昂10.12.5/6

GCC：

Configured with: --prefix=/Library/Developer/CommandLineTools/usr --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.2.1 
Apple LLVM version 9.0.0 (clang-900.0.37) 
Target: x86_64-apple-darwin16.7.0 
Thread model: posix

進口

aws.s3, 
data.table, 
googledrive, 
httr, 
jsonlite, 
lubridate, 
plyr 
RMixpanel, 
rmongodb, 
RPresto, 
stringi, 
stringr, 
uuid

錯誤

openmp-utils.c:50:5: warning: implicit declaration of function 'omp_set_num_threads' is invalid in C99 [-Wimplicit-function-declaration] 
omp_set_num_threads(1); 
^ 
1 warning generated. 

... 

Error: package or namespace load failed for ‘data.table’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): 
unable to load shared object '/usr/local/lib/R/3.4/site-library/data.table/libs/datatable.so': 
dlopen(/usr/local/lib/R/3.4/site-library/data.table/libs/datatable.so, 6): Symbol not found: _omp_set_num_threads 

Referenced from: /usr/local/lib/R/3.4/site-library/data.table/libs/datatable.so 

Expected in: flat namespace in /usr/local/lib/R/3.4/site-library/data.table/libs/datatable.so 

Error: loading failed

我也試過移動plyr要高於data.table，但得到相同的錯誤。任何我想念的東西的想法？

來源

2017-10-10 Serenthia

您剛剛升級到了CRAN上的1.10.4-1嗎？在新的R會話中，'test.data.table（）'是否工作？懷疑這是一個安裝/升級問題。 –

當你使用'parallel'包進行fork時，會調用這一行。你在使用'parallel'包嗎？這是我在這個補丁中已經改變的東西，所以我很可能會被指責。我們可以看到您的完整安裝輸出，看看它是否在安裝時發現openMP。 –

我現在看到。我的錯。當OpenMP不可用時，我沒有在#ifdef中包裝呼叫。很難測試這樣的事情，因爲我們不得不卸載OpenMP來測試它。 –

我修正了我的錯誤，並把1.10.4-2推到了CRAN。在Mac OS

的OpenMP現在由CRAN支持，包括在CRAN的爲Mac包二進制文件。但是，在編譯時未啓用OpenMP時，在MacOS上從源安裝v1.10.4-1失敗，#2409。感謝Liz Macfie和@fupangpangpang進行報道。 OpenMP未啓用時的啓動消息已更新。

我在發佈過程中增加了一個額外的步驟，以防止在將來發生這種情況。

來源

2017-10-12 20:55:47

我昨天有同樣的問題，並在一些谷歌搜索後，我設法通過指定〜。/ R/Makevars安裝data.table。

在我的情況下，我用macports並安裝了gcc7。所以要指定編譯器在macOS上使用這些而不是默認的clang，你需要創建一個文件〜./R/Makevars（）./R/Makevars（）./R/Makevars.zip 。然後添加以下行：

CC = GCC-MP-7 -fopenmp
CXX = G ++ - MP-7 -fopenmp

你也應該能夠做同樣的較新版本的clang只是將gcc-mp-7更改爲clang-omp（或者等價物，取決於它的安裝位置），並且不要忘記相同的-fopenmp標誌以啓用多線程。

來源

2017-10-12 12:34:51

或者按照[說明]（https://github.com/Rdatatable/data.table/wiki/Installation#openmp-enabled-compiler-for-mac）。 –

R：由於丟失符號而無法加載data.table _omp_set_num_threads

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