「樹」的「高度」組件未排序在cutree中的錯誤

我正在嘗試做一些分組並遇到此錯誤。「樹」的「高度」組件未排序在cutree中的錯誤

Evaluation error: the 'height' component of 'tree' is not sorted (increasingly).

我輸入的是：

library(stringdist) 
name <- c("luke,abcdef","luke,abcdeh","luke,abcdeg") 
a<-stringdistmatrix(name, method="jw") 
clusts <- hclust(a, method="ward.D2")

但是，當我試圖削減它，它給了我一個錯誤：

> cutree(clusts, h = 0.155) 
Error in cutree(clusts, h = 0.155) : 
    the 'height' component of 'tree' is not sorted (increasingly)

但是，如果使用

a<-stringdistmatrix(name, method="jw", p=0.05)

曾經一切正常。

我找了一個解決方案，找不到一個。我應該怎麼做，以防止這種情況發生並保持其正常工作？

我也注意到，如果我有相同的距離矩陣，而是用手工生成的（所以在集羣中沒有距離參數。

來源

2017-10-14 Ravonrip

如果你看看'diff（clusts $ height）'這兩個例子，那麼第一個就是一個微小的負數，第二個恰好爲零。基本上問題是，在這種簡單的情況下，所有的距離都是相同的，但由於二進制表示的十進制數不完美，因此存在小的舍入差異。我不認爲你會用更多不同的字符串來解決這個問題。 –

所以這是一個特定的問題，是隨機發生的，因爲我不走運，可以這麼說嗎？問題是，即使這些名稱不是我的實際名稱，這些名稱和我的實際名稱之間的距離也是相同的（因爲某種原因選擇了它們）。有沒有辦法讓它自動工作？因爲我需要我的算法來處理所有情況，即使是這些不幸的情況也是如此。所以，如果我保留這些相同的字符串，我可以做任何事情嗎？ – Ravonrip

你可以嘗試計算clusts後四捨五入 - 試試'clusts $ height < - round（clusts $ height，6）' –

如果你比較diff(clusts$height)這兩個例子，第一個出來作爲一個微小的負數，第二個爲精確爲零。所以，問題是由二進制表示舍入值的差異應該是相等造成的。

應該，如果你計算clusts後工作輪的高度...

clusts$height <- round(clusts$height, 6)

來源

2017-10-15 06:25:04

「樹」的「高度」組件未排序在cutree中的錯誤

回答

相關問題