如何根據biopython中的位置列表過濾對齊列？

基於biopython幫助頁面here，我可以基於第一或最後10過濾對準的列，我可以甚至拼湊使用如何根據biopython中的位置列表過濾對齊列？

align[:, :10] + align[:, -10:]

align作爲一個MSA對象，生成subalignment使用

from Bio import AlignIO 
align = AlignIO.read("Clustalw/opuntia.aln", "clustal")

但是，可以說，根據位置列表提取列。例如，如果我有以下列表：

a=[12, 52, 68,45]

有沒有辦法從對準align只提取這些列。

的R呼包bio3d就派上用場了由輸入（通過做：filtered_align = align[, a]）提供列表過濾比對，但將是巨大的，如果我可以用這個從蟒蛇。

謝謝

來源

2014-05-19 msakya

按照Biopython docs，你可以得到x列與

align[:, x]

所以下面應該爲你做的工作：

from Bio import AlignIO 

align = AlignIO.read("Clustalw/opuntia.aln", "clustal") 
indices = [12, 52, 68, 45] 
columns_as_strings = [] 

for column in indices: 
    columns_as_strings.append(align[:, column])

來源

2014-05-19 19:36:46

如何根據biopython中的位置列表過濾對齊列？

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