在不重寫Python/Perl腳本的情況下，我將如何將輸出一起輸出到bash腳本中？

Question

我有以下的Perl腳本（儘管這適用於Python和其他腳本語言）：script1.pl，script2.pl，script3.pl

這些腳本是書面的方式，用戶輸入的標誌執行它們，並且輸出保存的文件。

perl script1.pl --i input1.tsv ## this outputs the file `outputs1` 
perl script2.pl --i outputs1  ## this outputs the file `outputs2` 
perl script3.pl --i outputs2  ## this outputs the file `final_output` 

（對於Pythonistas，這是python script1.py）

現在，我想創建一個可執行bash腳本，讓用戶只需用input1工作，並得到輸出的回報final_output。

這是我怎麼會只有一個perl腳本爲此，execute.sh：

#!/bin/sh 

source ~/.bash_profile 

FLAG1="--i=$1" 

perl script1.pl $FLAG1 

它可以在命令行execute.sh input1.tsv

與三個腳本運行在我的例子中，我如何管中間輸出到中間腳本中以創建一個execute.sh腳本，例如outputs1分成script2.pl，然後outputs2分成scripts3.pl等？

有沒有一種方法可以讓我在不重寫perl/python腳本的情況下執行此操作？

編輯：其他信息：問題是我其實不知道輸出是什麼。文件名稱根據原始的inputs1.tsv進行更改。現在，我確實知道輸出的文件擴展名。但是outputs1和outputs2具有相同的文件擴展名。

Answer 1

這種情況的最佳實踐是讓腳本從標準輸入讀取並寫入標準輸出。在這種情況下，它變得非常容易管他們在一起，就像這樣：

perl script1.pl < input1.tsv | perl script2.pl | perl script3.pl 

在你的情況，你可以寫一個這樣的腳本：

#!/bin/sh 
perl script1.pl --i input1.tsv 
perl script2.pl --i outputs1 
perl script3.pl --i outputs2 

這並不理想，但它會做你想要什麼。它將讀取input1.tsv，並寫入outputs3。

Answer 2

你的問題不說，但是假設你可以使用--o標誌指定輸出文件：

perl script1.pl --i input1.tsv --o /dev/stdout | perl script2.pl --i /dev/stdin --o /dev/stdout | perl script3.pl --i /dev/stdin --o final_output 

/dev/stdin和/dev/stdout是寫入過程分別stdin和stdout神奇的UNIX文件。