改變標題的SED命令

Question

嗯，我想要基於每個文件共享的第一列並排加入114個文件，這是ID編號。每個文件由2列和400000多行組成。我用write.table將這些表格連接在一張表格中，並在頭文件中獲得了X。例如，我的頭應該是這樣的：

ID 1_sample1 2_sample2 3_sample3

，但我得到這樣的：

ID X1_sample1 X2_sample2 X3_sample3

我讀到這個問題，並發現了check.names擺脫這個問題的，但對我來說當我使用check.names我得到以下錯誤：

"unused argument (check.name = F)"

因此，我決定用sed來解決這個問題，它實際上的偉大工程，但它加入了2號線和1號線。例如，我的第一欄和第二欄應該是這樣的：

ID 1_sample1 2_sample2 3_sample

cg123 .0235 2.156 -5.546

，但我得到，而不是執行以下操作：

ID 1_sample1 2_sample2 3_sample cg123 .0235 2.156 -5.546

任何一個可以檢查這個代碼給我，謝謝。我可能做了一些錯誤的事情，不讓每條線與另一條線分開。

head -n 1 inFILE | tr "\t" "\n" | sed -e 's/^X//g' | sed -e 's/\./-/' | sed -e 's/\./(/' |sed -e 's/\./)/' | tr "\n" "\t" > outFILE 
tail -n +2 beta.norm.txt >> outFILE 

Answer 1

如果你的數據是製表符分隔的，簡單的解決將是

sed '1,1s/\tX/\t/g' <inputfile> outputfile 

1,1  only operate on the range "line 1 to line 1" 
\tX  find tab followed by X 
/\t/ replace with tab 
g  all occurrences 

它看起來好像你原來的嘗試並不僅僅是剝離X - 它也改變相繼點到(-)但你不會在你的例子中顯示你爲什麼需要這個。您的代碼加入前兩行的原因是，您只在最後一條tr命令中將\n替換爲\t - 這會在行尾沒有\n。

您需要在第一行的末尾附加\n，然後再用第二條命令連接第2行和第2行。試驗

head -n 1 inFILE | tr "\t" "\n" | sed -e 's/^X//g' | sed -e 's/\./-/' | sed -e 's/\./(/' |sed -e 's/\./)/' | tr "\n" "\t" > outFILE 
echo "\n" >> outFile 
tail -n +2 beta.norm.txt >> outFILE 

是否有效取決於您的操作系統。還有其他的方式來添加一個新行...使用

編輯awk可能是更清潔 - 例如

awk '(NR==1){gsub(" X"," ", $0);}{print;}' inputFile > outputFile 

說明：

(NR==1)    for the first line only (record number == 1) do: 
{gsub(" X","", $0);} do a global substitution of "space followed by X", with "space" 

         for all lines (including the one that was just modified) do: 
{print;}'    print the whole line