R：計算列中值的分數，按另一列中的值進行分組

我試圖找幾個小時的解決方案。我試圖搜索過，如果我忽略了這個問題的答案，請將其作爲重複關閉。R：計算列中值的分數，按另一列中的值進行分組

我有一個矩陣，通過transcript_id排序，然後cond：

transcript_id cond expr 
A1    B1  40 
A1    B2  30 
A1    B3  20 
A2    B2  35 
A2    B3  45 
A3    B1  23 
A4    B1  64 
A4    B3  43

我想一個新列，其中expr每個transcript_id內的部分列出：

transcript_id cond expr frac 
A1    B1  40  0.4444 
A1    B2  30  0.3333 
A1    B3  20  0.2222 
A2    B2  35  0.4375 
A2    B3  45  0.5625 
A3    B1  23  1 
A4    B1  64  0.5981 
A4    B3  43  0.4019

有一個聰明的方法來實現這個？

我天真的做法是編寫一個函數，循環每個獨特的元素在transcript_id，但我卡住了。請注意，並非每個transcript_id都由全部三個cond表示。與data.table

來源

2015-10-28 Mads Obi

非常相似，這從另一個天：http://stackoverflow.com/questions/33335398/how-can-repeatedly-subtract-the-rows-of-a-data-matrix-in- r/3333629 - 使用'ave'在每個組中進行計算：'with（dat，ave（expr，transcript_id，FUN = prop.table））' – thelatemail

方式一：

library(data.table) 
#setDT converts to a data.table and then you calculate the fraction of each expr 
#grouping by the transcript_id 
setDT(df)[, frac := expr/sum(expr), by=transcript_id]

輸出：

> df 
    transcript_id cond expr  frac 
1:   A1 B1 40 0.4444444 
2:   A1 B2 30 0.3333333 
3:   A1 B3 20 0.2222222 
4:   A2 B2 35 0.4375000 
5:   A2 B3 45 0.5625000 
6:   A3 B1 23 1.0000000 
7:   A4 B1 64 0.5981308 
8:   A4 B3 43 0.4018692

來源

2015-10-28 23:55:33 LyzandeR

謝謝。我真的需要很快研究data.table-package！ –

Np，很高興我能幫上忙。這是值得你花時間，我向你保證。如果你也有一張大桌子，速度非常快。 – LyzandeR

爲解決找你問題考慮

1.group的你transcript_id列

2。使用兩種方式創建您所需的列dplyr或plyr包，我寫了兩種方式。

using ***dplyr***. 

dataset %>% 
      dplyr::group_by (transcript_id) %>% 
      dplyr::mutate(frac=round(expr/sum(expr),4)) 




using ***plyr***. 

plyr::ddply(dataset,.(transcript_id),plyr::summarise,frac = 
               round(expr/sum(expr),4))

來源

2017-09-09 10:24:06 user7462639

請爲您的答案添加解釋，讓人們更容易理解。 –

R：計算列中值的分數，按另一列中的值進行分組

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