從命令行無聲運行R，將結果導出到JSON

如何從shell調用R腳本（例如，從Node.js exec）並將結果導出爲JSON（例如返回Node.js）？從命令行無聲運行R，將結果導出到JSON

下面的R代碼基本上工作。它讀取數據，適合的模型，轉換參數估計到JSON，並把結果打印到stdout：

#!/usr/bin/Rscript --quiet --slave 
install.packages("cut", repos="http://cran.rstudio.com/"); 
install.packages("Hmisc", repos="http://cran.rstudio.com/"); 
install.packages("rjson", repos="http://cran.rstudio.com/"); 
library(rjson) 
library(reshape2); 

data = read.csv("/data/records.csv", header = TRUE, sep=","); 
mylogit <- glm(y ~ x1 + x2 + x3, data=data, family="binomial"); 
params <- melt(mylogit$coefficients); 
json <- toJSON(params); 
json

這是我想如何從節點調用它...

var exec = require('child_process').exec; 
exec('./model.R', function(err, stdout, stderr) { 
    var params = JSON.parse(stdout); // FAIL! Too much junk in stdout  
});

除R進程不會停止打印到標準輸出。我試過--quiet --slave --silent這些都有所幫助，但還不夠。這裏是什麼發送到stdout：

The downloaded binary packages are in 
    /var/folders/tq/frvmq0kx4m1gydw26pcxgm7w0000gn/T//Rtmpyk7GmN/downloaded_packages 

The downloaded binary packages are in 
    /var/folders/tq/frvmq0kx4m1gydw26pcxgm7w0000gn/T//Rtmpyk7GmN/downloaded_packages 
[1] "{\"value\":[4.04458733165933,0.253895751245782,-0.1142272181932,0.153106007464742,-0.00289013062471735,-0.00282580664375527,0.0970325223603164,-0.0906967639834928,0.117150317941983,0.046131890754108,6.48538603593323e-06,6.70646151749708e-06,-0.221173770066275,-0.232262366060079,0.163331098409235]}"

What's the best way to use R scripts on the command line?

運行R --silent --slave CMD BATCH model.R每個帖子下面還導致大量無關的文本打印到model.Rout：

Run R script from command line

來源

2015-06-19 prototype

這些辦法只能停的r自己的打印系統消息，他們不會停止另一個R功能做一些打印。否則，你會停止打印最後一行，並且不會讓你的json輸出stdout！

這些消息從install.packages到來，所以嘗試：

install.packages(-whatever-, quiet=TRUE)

號稱降低輸出量。如果它減少到零，工作完成。

如果不是，那麼你可以用sink重定向stdout，或者在capture.output內運行。

來源

2015-06-19 16:57:02 Spacedman

啊哈，就是這樣！最後一個小問題，有沒有辦法像'[1]「{\」value \「：[4.04458733165933，...' – prototype

]那樣壓制前導」'[1]'「這是標籤告訴你它的長度爲1 vector，並且它來自當你在命令行命名的時候發生的默認打印，如果你使用'cat（json）'而不是打印沒有標籤的原始字符串，並且它不會逃避引號無論如何你是想要的 – Spacedman

從命令行無聲運行R，將結果導出到JSON

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