如何從shell腳本運行knitr

我必須從shell腳本運行knitr。但是我搞砸了。如何從shell腳本運行knitr

我的shell腳本test.sh是：

#!/bin/bash 

input=$1 
echo Input $input 

# I want to start the following when input is test.Rnw 
# /usr/bin/Rscript -e 'library(knitr); knit("test.Rnw")' 

cmd_start="'library(knitr);knit(\"" 
cmd_end="\")'" 

echo /usr/bin/Rscript -e $cmd_start$input$cmd_end 
/usr/bin/Rscript -e $cmd_start$input$cmd_end

在運行時

./test.sh test.Rnw

輸出

Input test.Rnw 
/usr/bin/Rscript -e 'library(knitr);knit("test.Rnw")' 
[1] "library(knitr);knit(\"test.Rnw\")"

所以命令似乎沒問題。但R沒有運行knitr。相反，它將輸入作爲變量處理。

運行

/usr/bin/Rscript -e 'library(knitr);knit("test.Rnw")'

不正確的。

我錯過了什麼？

來源

2013-07-06 JerryWho

由於周圍我寫的代碼庫（knitr）的作品;在一個臨時文件，運行鍼織（「test.Rnw」）這通過Rscript tmpfile。但我認爲這有點笨拙。 – JerryWho

出於好奇，爲什麼直接使用'＃！/ bin/bash'而不是'＃！/ usr/bin/Rscript'？然後，您可以在腳本中使用'commandArgs（）'和R語法。 – baptiste

@baptiste：我的例子是一個更大的shell腳本的一部分。所以我不能只使用Rscript。 – JerryWho

您的問題是雙引號：$cmd_start$input$cmd_end變成'library(knitr);knit(\"test.Rnw\")'，但不是'library(knitr);knit("test.Rnw")'。

嘗試以下操作：

cmd_start='library(knitr);knit("' 
cmd_end='")' 

/usr/bin/Rscript -e $cmd_start$input$cmd_end

或者：

/usr/bin/Rscript -e "library(knitr); knit(\"${input}\")"

來源

2013-07-06 13:05:45 sgibb

謝謝，最後一行完美無缺！ – JerryWho

如何從shell腳本運行knitr

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