在R中創建相關矩陣

Question

我有一個包含500行（二進制分數）和120列矩陣的文件。該文件是0和1的簡單矩陣。

>file 

00010010101010 
01001010100101 
00101001010001 
11110101001010 

我正在寫一個函數，它使用特殊的相關公式來查找行之間的相關性。它將兩個向量行作爲輸入fn（row1，row2）。例如。 row1和row2並計算此特殊關聯。

例

>fn(file[1,], file[2,]) 
>0.32 

我能做到這一點的兩行，但我怎麼能爲所有行創建一個500×500相關矩陣。有人可以幫助這個嗎？謝謝。

Answer 1

試試這個：

corr.mat <- outer(seq_len(nrow(file)), seq_len(nrow(file)), 
        Vectorize(function(i, j) fn(file[i,], file[j,]))) 

如果這是你的需求太慢，可能會有更好的方法，但是你必須要顯示什麼fn是應該做的。

P.S .: file是R中函數的名稱，您應該避免將它用於您自己的變量。