嘗試使用Cython擴展時未定義的符號

我確信有一些簡單的我很想念，但我一直在盯着它看，我不會去看它。我已閱讀問題和答案here,here,here,here和here沒有遇到我的使用案例的解決方案。我正在嘗試使用智能指針和cython玩一個簡單的測試結構（儘管我甚至無法使用智能指針部分）。代碼如下：嘗試使用Cython擴展時未定義的符號

test_unique_ptr.h

struct TestStruct { 
    int a; 
    int b; 
}; 

class TestClass 
{ 
public: 
    TestClass(void); 
    ~TestClass(void); 

    TestStruct myts; 

    int getA() { return myts.a; } 
    int getB() { return myts.b; } 
};

test_unique_ptr.cpp

#include "test_unique_ptr.h" 

TestClass::TestClass(void) { 
    myts.a = 4; 
    myts.b = 7; 
}

這成功地編譯成libTestUPtr.so

test_u_ptr.pyx

from libcpp.memory cimport unique_ptr 
from cython.operator cimport dereference as deref 

cdef extern from "test_unique_ptr.h": 
    ctypedef struct TestStruct: 
     int a 
     int b 

    cdef cppclass TestClass: 
     TestClass() 
     TestStruct foo 
     int getA() 
     int getB() 

cdef class TestClass1: 
    cdef: 
     TestClass tc 

    def __cinit__(self): 
     self.tc = TestClass() 

    def getValue(self): 
     print(self.tc.getA()) 

foo = TestClass1() 
foo.getValue()

setup.py

from distutils.core import setup 
from distutils.extension import Extension 
from Cython.Distutils import build_ext 
import numpy 

setup(
    cmdclass = {'build_ext': build_ext}, 
    ext_modules = [ 
     Extension("test_u_ptr", 
      language="c++", 
      sources=["test_u_ptr.pyx"], 
      include_dirs=["/home/share/data/code/python/test/include", numpy.get_include()], 
      libraries = ["TestUPtr"], 
      library_dirs=["/home/share/data/code/python/test/lib"], 
      extra_compile_args=['-lstdc++','-std=c++11', '-v'], 
      extra_link_args=['-lstdc++', '-v'], 
      ) 
     ] 
    )

這也成功地被編譯成test_u_ptr.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so。有趣的來了。

$ python3 
>>> import test_u_ptr 
ImportError: /home/share/data/code/python/test/test_u_ptr.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: _ZN9TestClassD1Ev

的符號出現在libTestUPtr.so

$ nm -C libTestUPtr.so 

0000000000201030 B __bss_start 

0000000000201030 b completed.6973 
       w __cxa_finalize 
0000000000000580 t deregister_tm_clones 
00000000000005f0 t __do_global_dtors_aux 
0000000000200e38 t __do_global_dtors_aux_fini_array_entry 
0000000000201028 d __dso_handle 
0000000000200e48 d _DYNAMIC 
0000000000201030 D _edata 
0000000000201038 B _end 
0000000000000680 T _fini 
0000000000000630 t frame_dummy 
0000000000200e30 t __frame_dummy_init_array_entry 
0000000000000700 r __FRAME_END__ 
0000000000201000 d _GLOBAL_OFFSET_TABLE_ 
       w __gmon_start__ 
0000000000000530 T _init 
       w _ITM_deregisterTMCloneTable 
       w _ITM_registerTMCloneTable 
0000000000200e40 d __JCR_END__ 
0000000000200e40 d __JCR_LIST__ 
       w _Jv_RegisterClasses 
00000000000005b0 t register_tm_clones 
0000000000201030 d __TMC_END__ 
0000000000000670 T TestClass::TestClass() 
0000000000000670 T TestClass::TestClass()

然而，幾乎一切都在用Cython庫未定義正確定義。

$ nm -C test_u_ptr.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so 

0000000000204530 B __bss_start 
0000000000204540 b completed.6973 
       w [email protected]@GLIBC_2.2.5 
0000000000001be0 t deregister_tm_clones 
0000000000001c50 t __do_global_dtors_aux 
0000000000203d40 t __do_global_dtors_aux_fini_array_entry 
0000000000204180 d __dso_handle 
0000000000203d50 d _DYNAMIC 
0000000000204530 D _edata 
00000000002046f8 B _end 
0000000000003154 T _fini 
0000000000001c90 t frame_dummy 
0000000000203d38 t __frame_dummy_init_array_entry 
00000000000035b8 r __FRAME_END__ 
0000000000204000 d _GLOBAL_OFFSET_TABLE_ 
       w __gmon_start__ 
00000000000015e8 T _init 
       w _ITM_deregisterTMCloneTable 
       w _ITM_registerTMCloneTable 
0000000000203d48 d __JCR_END__ 
0000000000203d48 d __JCR_LIST__ 
       w _Jv_RegisterClasses 
       U PyBaseObject_Type 
       U PyBytes_FromStringAndSize 
       U PyCapsule_New 
       U PyCFunction_Type 
       U _Py_CheckRecursionLimit 
       U _Py_CheckRecursiveCall 
       U PyCode_New 
       U PyDict_GetItem 
       U PyDict_GetItemString 
       U PyDict_New 
       U PyDict_SetItem 
       U PyDict_SetItemString 
       U PyErr_Format 
       U PyErr_Occurred 
       U PyErr_SetString 
       U PyErr_WarnEx 
       U PyEval_EvalCodeEx 
       U PyEval_EvalFrameEx 
       U PyExc_ImportError 
       U PyExc_NameError 
       U PyExc_SystemError 
       U PyExc_TypeError 
       U PyFrame_New 
       U PyFunction_Type 
       U Py_GetVersion 
       U PyImport_AddModule 
       U PyImport_GetModuleDict 
00000000000023d0 T PyInit_test_u_ptr 
       U PyLong_FromLong 
       U PyMem_Malloc 
       U PyMem_Realloc 
       U PyMethod_Type 
       U PyModule_Create2 
       U PyModule_GetDict 
       U _Py_NoneStruct 
       U PyObject_Call 
       U PyObject_CallFinalizerFromDealloc 
       U PyObject_GetAttr 
       U PyObject_SetAttrString 
       U PyOS_snprintf 
       U PyThreadState_Get 
       U PyTraceBack_Here 
       U PyTuple_New 
       U PyTuple_Pack 
       U PyType_Ready 
       U PyUnicode_Decode 
       U PyUnicode_FromFormat 
       U PyUnicode_FromString 
       U PyUnicode_FromStringAndSize 
       U PyUnicode_InternFromString 
0000000000204560 B __pyx_module_is_main_test_u_ptr 
0000000000001c10 t register_tm_clones 
       U [email protected]@GLIBC_2.4 
0000000000204530 d __TMC_END__ 
000000000000333b r __pyx_k_end 
0000000000003337 r __pyx_k_foo 
0000000000204650 b __pyx_print 
0000000000003332 r __pyx_k_file 
0000000000003329 r __pyx_k_main 
0000000000003320 r __pyx_k_test 
00000000002046a0 b __pyx_lineno 
0000000000204690 b __pyx_clineno 
000000000000331a r __pyx_k_print 
0000000000204580 b __pyx_methods 
0000000000204630 b __pyx_n_s_end 
0000000000204620 b __pyx_n_s_foo 
0000000000204680 b __pyx_filename 
0000000000204628 b __pyx_n_s_file 
0000000000204600 b __pyx_n_s_main 
00000000002045d0 b __pyx_n_s_test 
0000000000204320 d __pyx_moduledef 
00000000002045f0 b __pyx_n_s_print 
0000000000204660 b __pyx_code_cache 
0000000000003311 r __pyx_k_getValue 
00000000002041a0 d __pyx_string_tab 
00000000002046b0 b __pyx_empty_bytes 
00000000002046c0 b __pyx_empty_tuple 
0000000000001e10 t __Pyx_AddTraceback(char const*, int, int, char const*) 
0000000000003302 r __pyx_k_pyx_vtable 
0000000000204610 b __pyx_n_s_getValue 
00000000002046a8 b __pyx_empty_unicode 
00000000000018e0 t __Pyx_PyObject_Call(_object*, _object*, _object*)  
00000000002045e0 b __pyx_n_s_pyx_vtable 
00000000000019c1 t __Pyx_PyFunction_FastCallDict(_object*, _object**, int,  _object*) [clone .constprop.3] 
00000000002043a0 d __pyx_type_10test_u_ptr_TestClass1 
0000000000204640 b __pyx_ptype_10test_u_ptr_TestClass1 
0000000000001d30 t __pyx_tp_new_10test_u_ptr_TestClass1(_typeobject*, _object*, _object*) 
00000000002045c0 b __pyx_vtable_10test_u_ptr_TestClass1 
00000000002045a0 b __pyx_methods_10test_u_ptr_TestClass1 
0000000000204670 b __pyx_vtabptr_10test_u_ptr_TestClass1 
0000000000001ce0 t __pyx_tp_dealloc_10test_u_ptr_TestClass1(_object*) 
0000000000002230 t __pyx_f_10test_u_ptr_10TestClass1_getValue(__pyx_obj_10test_u_ptr_TestClass1*) 
0000000000001cd0 t __pyx_f_10test_u_ptr_10TestClass1_printValue(__pyx_obj_10test_u_ptr_TestClass1*) 
00000000002046d0 b __pyx_b 
00000000002046e0 b __pyx_d 
00000000002046f0 b __pyx_m 
       U TestClass::TestClass() 
       U TestClass::~TestClass()

這兩個庫都是64位。

$ file libTestUPtr.so 
libTestUPtr.so: ELF 64-bit LSB shared object, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked, BuildID[sha1]=4c6eb8560a244ebd485d483f1c27004145ad1882, not stripped 

$ file test_u_ptr.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so 
test_u_ptr.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so: ELF 64-bit LSB shared object, x86-64, version 1 (SYSV), dynamically linked, BuildID[sha1]=5a2daa515d4a22dd46484968e817cd3a3bcebe5a, not stripped

libTestUPtr.so是LD_LIBRARY_PATH並在正確的位置

$ echo $LD_LIBRARY_PATH 
/home/share/data/code/python/test/lib 

$ ls /home/share/data/code/python/test/lib/ 
libTestUPtr.so

我在茫然，到底是怎麼回事。任何有識之士將不勝感激。

gcc是4.8.4版本。 Python是3.5.3版本。 Cython是版本0.25.2。

來源

2017-08-12 PaxRomana99

添加鏈接器選項「輪候冊， - 無未定義」似乎已經解決了這一問題。我完全不知道爲什麼。我將暫時擱置這一情況，以防止任何人知道這些事情正在發生。 – PaxRomana99

我認爲它應該是'def getValue（）'而不是'cdef getValue（）'在你的pyx文件中。 – ead

你是對的。我已經編輯它來反映這一點。 – PaxRomana99

沒有什麼神祕的關於您的問題，我懷疑，這將--no-undefined已經固定它。

錯過的符號是類TestClass的析構函數。你的共享庫提供了TestClass兩個符號：但無論這些符號構造函數（我不完全理解爲什麼有兩個，爲什麼兩個符號具有相同的地址），其中沒有一個是需要的析構函數。

這個問題的起源是，你宣佈你的析構函數，所以它不再由編譯器默認實現的，但你沒有提供的CPP文件的實現。

那麼你的選擇是：

刪除的h文件的析構函數的聲明，讓編譯器照顧它。
在cpp文件中實現你的析構函數。

哪一個更好取決於上下文。

這GCC發出的構造函數和兩個析構函數兩個符號似乎是一個已知錯過優化，here is a great explanation。

的地址是一樣的，因爲編譯器別名兩個相同的方法：

_ZN9TestClassC2Ev: //Constructor of the BaseObject-constructor 
.LFB3: 
    ... 
    ret 
.LFE3: 
    .. 
    .globl _ZN9TestClassC1Ev 
    .set _ZN9TestClassC1Ev,_ZN9TestClassC2Ev //HERE WE GO, Complete Object constructor which we use normally

來源

2017-08-13 09:11:27 ead

你是對的。問題是缺少的析構函數，我認爲--no-undefined實際上與修復它沒有任何關係。 – PaxRomana99

嘗試使用Cython擴展時未定義的符號

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