C++程序在Linux上正常打開文件但在Windows上不打開

Question

我通過Mingw在Windows上編譯了一個Linux程序，但輸出錯誤。

錯誤描述：
程序的輸出看起來不同在Windows比Linux上。這是它的外觀在Windows上：

>tig_2 
CAATCTTCAGAGTCCAGAGTGGGAGGCACAGACTACAGAAAATGAGCAGCGGGGCTGGTA 
>cluster_1001_conTTGGTGAAGAGAATTTGGACATGGATGAAGGCTTGGGCTTGACCATGCGAAGG 

預期輸出：

>cluster_1001_contig2 
CAATCTTCAGAGTCCAGAGTGGGAGGCACAGACTACAGAAAATGAGCAGCGGGGCTGGTA 
>cluster_1001_contig1 
TTGGTGAAGAGAATTTGGACATGGATGAAGGCTTGGGCTTGACCATGCGAAGG 

（注：輸出非常大，在這裏貼上所以上面的例子是僞實數）。

可能的原因：
我觀察到，如果我轉換輸入的字符在Linux（LF）輸入文件到Windows（CRLF）幾乎工作：在文件中的第一個字符（>）丟失。在沒有任何輸入轉換的情況下，相同的代碼在Linux上完美運行所以，這個問題必須在沒有解析輸入寫入輸出的一個功能：

seq_db.Read(db_in.c_str(), options); 

的源代碼：
這是解析輸入文件中的一塊。無論如何，我可能會錯誤。錯誤可能在其他地方。在情況需要的時候，完整的源代碼是here :)

void SequenceDB::Read(const char *file, const Options & options) 
{ 
    Sequence one; 
    Sequence dummy; 
    Sequence des; 
    Sequence *last = NULL; 
    FILE *swap = NULL; 
    FILE *fin = fopen(file, "r"); 
    char *buffer = NULL; 
    char *res = NULL; 
    size_t swap_size = 0; 
    int option_l = options.min_length; 
    if(fin == NULL) bomb_error("Failed to open the database file"); 
    if(options.store_disk) swap = OpenTempFile(temp_dir); 
    Clear(); 
    dummy.swap = swap; 
    buffer = new char[ MAX_LINE_SIZE+1 ]; 

    while (not feof(fin) || one.size) { /* do not break when the last sequence is not handled */ 
     buffer[0] = '>'; 
     if ((res=fgets(buffer, MAX_LINE_SIZE, fin)) == NULL && one.size == 0) break; 
     if(buffer[0] == '+'){ 
      int len = strlen(buffer); 
      int len2 = len; 
      while(len2 && buffer[len2-1] != '\n'){ 
       if ((res=fgets(buffer, MAX_LINE_SIZE, fin)) == NULL) break; 
       len2 = strlen(buffer); 
       len += len2; 
      } 
      one.des_length2 = len; 
      dummy.des_length2 = len; 
      fseek(fin, one.size, SEEK_CUR); 
     }else if (buffer[0] == '>' || buffer[0] == '@' || (res==NULL && one.size)) { 
      if (one.size) { // write previous record 
       one.dat_length = dummy.dat_length = one.size; 
       if(one.identifier == NULL || one.Format()){ 
        printf("Warning: from file \"%s\",\n", file); 
        printf("Discarding invalid sequence or sequence without identifier and description!\n\n"); 
        if(one.identifier) printf("%s\n", one.identifier); 
        printf("%s\n", one.data); 
        one.size = 0; 
       } 
       one.index = dummy.index = sequences.size(); 
       if(one.size > option_l) { 
        if (swap) { 
         swap_size += one.size; 
         // so that size of file < MAX_BIN_SWAP about 2GB 
         if (swap_size >= MAX_BIN_SWAP) { 
          dummy.swap = swap = OpenTempFile(temp_dir); 
          swap_size = one.size; 
         } 
         dummy.size = one.size; 
         dummy.offset = ftell(swap); 
         dummy.des_length = one.des_length; 
         sequences.Append(new Sequence(dummy)); 
         one.ConvertBases(); 
         fwrite(one.data, 1, one.size, swap); 
        }else{ 
         //printf("==================\n"); 
         sequences.Append(new Sequence(one)); 
         //printf("------------------\n"); 
         //if(sequences.size() > 10) break; 
        } 
        //if(sequences.size() >= 10000) break; 
       } 
      } 
      one.size = 0; 
      one.des_length2 = 0; 

      int len = strlen(buffer); 
      int len2 = len; 
      des.size = 0; 
      des += buffer; 
      while(len2 && buffer[len2-1] != '\n'){ 
       if ((res=fgets(buffer, MAX_LINE_SIZE, fin)) == NULL) break; 
       des += buffer; 
       len2 = strlen(buffer); 
       len += len2; 
      } 
      size_t offset = ftell(fin); 
      one.des_begin = dummy.des_begin = offset - len; 
      one.des_length = dummy.des_length = len; 

      int i = 0; 
      if(des.data[i] == '>' || des.data[i] == '@' || des.data[i] == '+') i += 1; 
      if(des.data[i] == ' ' or des.data[i] == '\t') i += 1; 
      if(options.des_len and options.des_len < des.size) des.size = options.des_len; 
        while(i < des.size and (des.data[i] != '\n')) i += 1; 
      des.data[i] = 0; 
      one.identifier = dummy.identifier = des.data; 
     } else { 
      one += buffer; 
     } 
    } 
#if 0 
    int i, n = 0; 
    for(i=0; i<sequences.size(); i++) n += sequences[i].bufsize + 4; 
    cout<<n<<"\t"<<sequences.capacity() * sizeof(Sequence)<<endl; 
    int i; 
    scanf("%i", & i); 
#endif 
    one.identifier = dummy.identifier = NULL; 
    delete[] buffer; 
    fclose(fin); 
} 

輸入文件的格式是這樣的：

> comment 
ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGT 
> comment 
ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGT 
> comment 
ACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTACGT 
etc 

Answer 1

的問題是很可能，你需要更多的使用"rb"開關在fopen的調用中打開文件。 "rb"以二進制模式打開文件，而不是"r"，它以「文本」模式打開文件。

由於您在Linux和Windows之間來回切換，所以行尾字符會有所不同。如果您在Windows中將該文件作爲「文本」打開，但該文件是針對Linux進行格式化的，那麼您對Windows說它是一個文本文件。所以運行時會做CR/LF轉換都是錯誤的。

因此，您應該打開文件爲二進制文件，"rb"，以便CR/LF轉換沒有完成。