在Python中運行python腳本

Question

我知道這個問題已被多次詢問，我讀了多個試圖解決這個問題的問題。但是，這些實際上都沒有工作。

我有一個Python腳本，我從以下網站下載：https://github.com/endrebak/kg

我試圖從內部蟒蛇運行下面的命令。它的工作原理，當我直接從終端上運行，但拋出一個錯誤，當我從裏面蟒蛇運行：

/usr/packages/kg-master/bin/kg --mergecol=0 --noheader --genes --definition --species=hsa <(echo 01200) 

使用下面的代碼：

pathwayID = 01200 

cmd="/usr/packages/kg-master/bin/kg --mergecol=0 --noheader --genes --definition --species=hsa <(echo {})".format(pathwayID) 

tmp = os.popen(cmd).read() 

不過，我發現了以下錯誤：

sh: -c: line 0: syntax error near unexpected token `(' 

sh: -c: line 0: `/usr/packages/kg-master/bin/kg --mergecol=0 --noheader --genes --definition --species=hsa <(echo 05200)' 

我試過多種建議，比如調用腳本之前加入python

cmd="python /usr/packages/kg-master/bin/kg --mergecol=0 --noheader --genes --definition --species=hsa <(echo {})".format(pathwayID) 

另一項建議是使用：

subprocess.call(['/usr/packages/kg-master/bin/kg', "--mergecol=0","--noheader","--genes","--definition","--species=hsa <(echo '01200')"]) 

該解決方案是最接近由於執行腳本實際問題的解決。但是，似乎參數沒有正確傳遞，我不知道爲什麼。

任何幫助，將不勝感激。

Answer 1

要使用subprocess運行此命令，您需要使用可理解process substitution語法的shell，例如， bash。 /bin/sh，這是subprocess使用的默認外殼，不支持它。

import subprocess 

cmd = ("/usr/packages/kg-master/bin/kg --mergecol=0 --noheader --genes" 
     "--definition --species=hsa <(echo {})".format(pathwayID)) 

process = subprocess.Popen(cmd, shell=True, stdout=subprocess.PIPE, 
          stderr=subprocess.PIPE, executable="/usr/bin/bash") 
out, err = process.communicate() 

或者，您可以將ID保存到臨時文件並使用輸入重定向（<）。

Answer 2

嘗試這種情況：

import subprocess 

cmd="/usr/packages/kg-master/bin/kg --mergecol=0 --noheader --genes --definition --species=hsa <(echo {})".format(pathwayID) 

process = subprocess.Popen(cmd, shell=True, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE) 
out, err = process.communicate() 

的命令的輸出流將在「出」和誤差流管道輸送到將被管道輸送到「ERR」。