2017-03-08 84 views
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就R控制檯中,我可以看到系統2()的輸出:knitr未能打印出系統2()輸出

> STAR<-'/opt/NGS/STAR/STAR-2.5.2b/bin/Linux_x86_64_static/STAR' 
>  system2(STAR,'--version') 
STAR_2.5.2b 

但是,當我有一個.Rnw一個塊文件等這樣的:

\begin{frame}[fragile]{Global STAR settings} 
<<echo=TRUE, results="asis">>= 
STAR<-'/opt/NGS/STAR/STAR-2.5.2b/bin/Linux_x86_64_static/STAR' 
system2(STAR,'--version') 
@ 
\end{frame} 

它應該在頁面上打印出STAR_2.5.2b,但沒有打印任何內容。有人知道爲什麼嗎?

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嘗試設置'stdout = TRUE',即'system2(STAR,'version',stdout = TRUE')'。 –

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感謝您的建議!它現在已經修復了。 –

回答

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嘗試設置stdout = TRUEsystem2(STAR,'--version', stdout = TRUE)