如何在嘗試打開HDF5文件之前測試數據集是否存在於HDF5文件中？

我有以下片斷工程確定，但如果數據集「測試」並不在HDF5文件，該文件是存在產生不必要的錯誤，事實上，有效的情況下：如何在嘗試打開HDF5文件之前測試數據集是否存在於HDF5文件中？

library(rhdf5) 
test_data <- h5read('test.h5', 'Test') 
if (exists('test_data')) { 
    # then read the data 
    df_test <- as.data.frame(t(test_data)) 
    # work with df_test 
}

和R輸出錯誤如果數據集不存在：

Error in h5read('test.h5', 'Test') : 
    Object Test does not exist in this HDF5 file. 
Execution halted

我想優雅地處理這個沒有R過程吐出零星的錯誤。

來源

2013-09-23 Giovanni Azua

也許使用'trycatch'？我懷疑你的一部分混亂是'h5read'是函數它正在尋找'Test'，所以如果它失敗了，那麼'test_data'甚至會被創建。 –

事實上，使用trycatch優雅地解決了我的OP問題。你能否提供一個基於trycatch的高質量答案，我會接受？第一行替換爲：tryCatch（test_data < - h5read（'test.h5'，'Test'），error = function（e）{print（''Test'datat not found「）}）'其餘的代碼保持不變，因爲'exists'函數將完成它的工作。 –

OK，我想，根據您的意見，這是你想要的行：

讓我們假設你已經輸入的文件名作爲參數，所以：

nextfile<- 'test.h5' 

tryCatch(test_data <- h5read(nextfile, 'Test'), error = function(e) { print(paste("'Test' dataset not found in ",nextfile)) })

然後你會知道哪些文件失敗。（大概你有一個類似的機制設置來存儲每個文件在不同的「test_data」或列表變量的一個元素test_data[[j]]

來源

2013-09-23 15:50:26

如何在嘗試打開HDF5文件之前測試數據集是否存在於HDF5文件中？

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