帶系統命令的中斷循環

我正在越來越多地使用Rscript，我通常會使用bash腳本。一個小問題是，這些腳本中的很多會循環調用一些system()調用，如果我試圖中斷它，R基本上沒有時間讓我抓住控件c。相反，它只是中止正在運行的系統命令，並繼續進行下一個循環迭代。例如，當我試圖按住控制-C中斷以下，但仍然使得它在所有的迭代：帶系統命令的中斷循環

for(i in 1:10) { 
    cat(i) 
    system('sleep 3') 
}

到目前爲止，我一直只是在每個循環中插入一個小小的停頓砍死解決此像

for(i in 1:10) { 
    Sys.sleep(0.25) 
    cat(i) 
    system('sleep 3') 
}

，讓我一個迭代兩年內終止，如果我按住Ctrl-C，但我想知道，有沒有做到這一點的行爲更有效的方式？

來源

2011-11-11 John Colby

偉大的問題。我讀過一些古魯斯的說法，任何寫得很好的程序都會聽取休息時間的按鍵，但似乎很多（當然都是我的）都沒有寫出這個功能。 –

這裏也一樣！它讓我感到迷惑，因爲這些內務處理腳本通常用於設置實驗目錄區域，因此使用大量非常快速的'mkdir'，'chmod'，'ln'等命令。但是，當我必須爲1000個科目做這件事時，即使只有0.25秒的停頓時間，我每次運行一次也會有接近5分鐘的浪費。 –

AFAIK一個R循環不是一個單獨的進程，所以'％kill-9 $ PID'將不起作用。但是，讓我問：你需要殺死什麼？如果是循環結束，比如說1：10000，那麼可以輸入一個每1000個週期運行一次的提示符（）。如果你正在運行的腳本很長，並且在啓動它之後你改變了主意，那麼，這幾乎是你自己的錯:-)。 –

約翰，我不確定這是否會有所幫助，但從調查setTimeLimit時，我瞭解到，只要用戶能夠執行中斷（如Ctrl-C），它就可以暫停執行。有關參考文獻，請參閱this question。

特別是，回調可能是要走的路，我會檢查出addTaskCallback和this guide on developer.r-project.org。

下面是其他四個方面的建議：

雖然這是一個黑客，一個非常不同的方法我可以調用兩個R會議，一個是主會話，另一隻用來執行由通過shell命令主會話，在開始下一個會話之前，它只等待工作完成的確認。
如果您可以使用foreach代替for（無論是平行的，經由％dopar％，或串行％做％，而非％dopar％或W /只有1位註冊工人），這可能是更適合的中斷，因爲它可能相當於第一個建議（因爲它會分出R）。
如果你可以檢索的外部命令的退出代碼，則可能被傳遞到有條件的循環。 This previous Q&A在這方面會有所幫助。
如果你想擁有的一切在bash腳本運行，則R可以只寫一個腳本長（即輸出字符串或一系列的字符串到文件）。這可以被執行並且中斷被保證不會影響循環，因爲你已經展開了循環。或者，你可以在bash中編寫循環。 Here are examples。個人而言，我喜歡使用find（例如find .... -exec doStuff {} ';'）將命令應用於文件，或者通過反引號作爲輸入。不幸的是，我不能輕易地在SO上提供格式良好的代碼，因爲它在反引號中嵌入了反引號......所以，可能出現這樣的情況，您可以有一個命令，不會循環，並將函數應用於所有文件符合一套特定的標準。通過反引號使用命令替換對於bash用戶來說是非常方便的技巧。

來源

2011-11-11 23:08:22 Iterator

感謝你，@Iterator。在過去的幾天裏，我一直在咀嚼更多的東西。回調基礎設施聽起來很有希望。我很擔心，但它會降低到同樣的問題，使我無法使用迪文的想法：我不知道「檢查按鍵」或「檢查按鈕」或類似的功能那。我當然需要仔細閱讀一些文檔，因爲有很多細節...... –

其他建議也都會有用。＃1＆2尤其適用於較長的腳本，我已經在使用我們的羣集調度程序，這很容易讓事情發生。儘管如此，我仍然希望有一個簡單的方法。＃3我認爲這將特別有用，因爲許多這些工具如果被中斷，確實會輸出異常狀態。 –

儘管如此，我想知道如果我試圖在一個圓孔中安裝一個方形釘。爲了我在1 ... n這麼做很容易。做...;完成'在bash中，對於那些真正*很簡單的情況，也許我應該堅持下去？我不知道... –

您應該檢查對system()的每次調用都具有非零退出狀態。如果出現意外錯誤，您的程序應該爲stop()，否則您可能會收到意想不到的結果。當按Ctrl +ç殺死調用的程序應該返回一個非零退出狀態，如果他們不這樣做，那就是在這些程序中的錯誤或缺陷。

來源

2011-11-14 21:10:51

其實我只是用'（system（「sleep」，「40」））''來測試這個，它並不表示錯誤，即使在Bash內部這樣做，所以也許我的上面的語句是錯誤的。 –

帶系統命令的中斷循環

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